fasta

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    Perl程序错误

    我写了一个PERL程序，该程序需要一个Excel工作表（通过将.xls扩展名改为.txt来转换为文本文件）以及一个用于输入的序列文件。 Excel工作表包含序列文件中某个区域的起始点和结束点（以及匹配区域任一侧的70个侧翼值），这些文件需要剪切并提取到第三个输出文件中。有300个值。程序读入每次需要切割的序列的起始点和结束点，但它重复告诉我，如果显然不是输入文件的长度，则该值超出了该长度。我只是不
    perl fasta dna-sequence blast 2014-09-19

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    Python除法Fasta文件

    我有一个包含40 000个fasta序列（大约）的文件。我想将这个文件分成4个文件，其中包含10 000个fasta序列。 我该怎么做？ 反馈意见。 谢谢。 jd
    python file split fasta 2014-09-22

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    .cat.fastq to .cat.fasta文件转换问题

    我试图将fastq转换为fasta而不先做一个质量过滤器。当我尝试使用fastx工具包来运行此转换时，它在运行到低质量基础时会给我一条错误消息，并终止转换，以便转换后的输出很早结束。 （错误表示质量得分低于-30）。 然后，我尝试使用此论坛中较早发布的sed解决方案，介绍如何使用sed转换为fasta。该生产线是这样的： sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' 行我输入端子为： s
    bioinformatics data-conversion fasta fastq 2014-09-22

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    请帮助我从磁盘读取genbank文件并将其转换为fasta

    请指导我使用biosmalltalk（Pharo版）将GenBank序列转换为等效的FASTA格式。我已经想通过磁盘读取GenBank文件： |文件x y m | x：=时间millisecondClockValue。 file：= BioFile on：（FileStream readOnlyFileNamed：BioObject testFilesDirectoryName asFileRef
    smalltalk pharo fasta genbank 2014-09-26

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    如何删除x个具有相同字符串的条目并只保留一个具有修改标题的条目？

    我对你所有的awk/sed/perl专家有个疑问。我遇到具有以下格式如文件： >GALHOMG00000016026_1 GALHOMT00000016026_1 GALHOMP00000016026_1 JH556633.1:35740-45316 1 MPKKKTGARKKAENRREREKQIRASRANIDLAKHPCNASMECDKCQRRQKNRAFCYFCNS VQKLPICAQ
    bash perl awk sed fasta 2014-09-27

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    从fasta文件打印序列

    我经常需要在fasta文件中查找特定的序列并将其打印出来。对于那些不知道的人，fasta是生物序列（DNA，蛋白质等）的文本文件格式。这很简单，你有一个序列名前面有一个'>'的行，然后直到下一个'>'后面的所有行都是序列本身。例如： >sequence1 ACTGACTGACTGACTG >sequence2 ACTGACTGACTGACTG ACTGACTGACTGACTG >sequ
    bash grep fasta 2014-10-01

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    解析FASTA序列到词典

    我需要最琐碎的解决方案转换fasta.txt包含多个核苷酸序列等 >seq1 TAGATTCTGAGTTATCTCTTGCATTAGCAGGTCATCCTGGTCAAACCGCTACTGTTCCGG CTTTCTGATAATTGATAGCATACGCTGCGAACCCACGGAAGGGGGTCGAGGACAGTGGTG >seq2 TCCCTCTAGAGGCTCTTTACCGTGATGCT
    python dictionary fasta 2014-03-27

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    DNAStringSet错误Biostrings在R

    我在Biostars上发布了这个同样的窘境，但它似乎像交通低，所以我想我可能在这里构成。 我试图用Bioconductor的的“Biostrings”包和“DNAStringSet”功能导入序列的FASTA文件为R，但我不断收到同样的错误： Error in .Call2("new_XString_from_CHARACTER", classname, x, start(solved_SEW),
    string r bioinformatics fasta bioconductor 2014-03-28

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    fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

    我有一些来自Illumina NextSeq运行的.fastq文件。许多序列具有polyA片段，这使得它们映射变得复杂。我想删除的连续十A的所有序列，并一直在努力这样做，使用fastx_clipper如下： ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L
    bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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    如何加入某些项目在列表

    我的名单看起来是这样的： ['', 'CCCTTTCGCGACTAGCTAATCTGGCATTGTCAATACAGCGACGTTTCCGTTACCCGGGTGCTGACTTCATACTT CGAAGA', 'ACCGGGCCGCGGCTACTGGACCCATATCATGAACCGCAGGTG', '', '', 'AGATAAGCGTATCACG ACCTCGTGATTAGCTTCGTGGCT
    python list join fasta dna-sequence 2014-08-31
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