fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

我有一些来自Illumina NextSeq运行的.fastq文件。许多序列具有polyA片段，这使得它们映射变得复杂。我想删除的连续十A的所有序列，并一直在努力这样做，使用fastx_clipper如下：fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L004_trimmed.fastq

这导致以下错误信息：

fastx_clipper: input file (-) has unknown file format (not FASTA or FASTQ), first character = (10)

我不完全肯定这是什么意思。我看着使用头的fastq文件：

ha5c6n8$ head FR0826_S1_L004_R1_001.fastq 

@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:2791:1023 1:N:0:1 
NCTACATTGGTTCCTCAGCCAAGCACATACACCAAATGTCTGAACCTGCGGTACCTCTCGTACTGAGCAGGATT 
+ 
#<<AAFAFFFAFFFFF7FF)FF.F<FAFFFFF<FF.AFFF7F.F.FFAFFFF)7AF7F<FFF<<F7FFFFFF7F 
@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:19266:1023 1:N:0:1 
NAATGGGTCTGCGAGAGCGCCAGCTATCCTGAGGGAAACTTCGGAGGGGGCCGGCTACTAGATGGTTCGCTTAGT 
+ 
#<7AAFAFFFFFFFF7FFAA.AFF<F...<AFFFF7F..FA.A<AA<F7)FA7.FF.<FA..F.A7AF..FFF.A 
@NS500289:18:H1237BGXX:4:11401:6297:1023 1:N:0:1 
NATAAGAGGGGTGTGGCTAGGCTAAGCGTTTTGAGCTGCATTGCTGCGTGCTTGATGCTTGTCCCTTTTGATCGT

据我所知，这看起来像一个完全正常的fastq格式文件。任何人都可以解释什么导致这个错误？谢谢！

来源

2014-08-29 Forest

在我看来，这个问题不太适合于stackoverflow。如果我是你，我会开始用fastq验证器检查你的fastq文件进行调试，看看是否有警告和错误。您的文件可能例如被截断，我们无法从前几行看到这一点。 – cel 2014-08-29 08:05:17

你的fastq文件以一个不允许的新行开头（ASCII值为10）。删除第一行，它应该是确定的。

来源

2014-08-29 20:23:42 dkatzel

fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

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