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    fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

    我有一些来自Illumina NextSeq运行的.fastq文件。许多序列具有polyA片段，这使得它们映射变得复杂。我想删除的连续十A的所有序列，并一直在努力这样做，使用fastx_clipper如下： ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L
    bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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    获得iOS上精确计时音符的最佳方式

    因此，我正在尝试编写基本音乐音序器类的东西。一些需要非常精确的时间。这是针对iOS 9的。 我现在正在使用libpd（Pure Data），只是发送各种延迟的事件来实现我之后的效果。这听起来不错，但不是很好。 在iOS上这种精确的音乐播放时间有没有“最佳做法”？我可以将注释排除在libpd之外，并可能获得更好的效果吗？ 谢谢！
    ios music-player sequencing 2015-10-04

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    如何从卧床文件或假发文件中获得RPKM值？这两种文件有什么区别？

    我想从RNAseq下载fastq原始文件以获得基因表达值。但GEO只提供.bed.gz和.wig.gz格式。我能做些什么来获得RPKM值？非常感谢你！
    sequencing 2016-09-22

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    如何创建Kubernetes集群只顾自己的容器SSL和NGINX

    我试图建立一个Kubernetes集群内的以下服务： 泊坞的注册表（它将包含我的Django泊坞窗图像） Nginx的一边收听两个端口80和443 PostgreSQL的 几个Django应用程序与服务gunicorn letsencrypt集装箱生成和自动更新签名的S SL证书 我的问题是创建集群的过程中发生了鸡和蛋的问题： 我的SSL证书存储在一个由letsencrypt集装箱生成量的秘密。为
    nginx kubernetes sequencing 2016-01-20

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    使用CoMut可视化数据

    我的问题是关于可视化样本队列的突变，这与coMut map完全相同（https://www.broadinstitute.org/blog/visualizing-cancer-genome）。 有人知道是否有一个特定的网站制作这些类型的地块？ 感谢
    data-visualization sequencing 2015-12-02

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    一起使用bwa mem和umitools

    我想使用bwa mem将序列读取与hg19引用进行比对，但是我的序列都有一个UMI（唯一分子标识符）。我用umitools像这样： umitools trim --end 5 input.fastq NNNNNN > output.fastq 这再正常附加我的UMI序列中output.fastq文件名行，但是如果使用BWA MEM对准的时候，我得到的错误： paired reads have
    bash sequencing 2015-02-11

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    python改变'|'到标签delimenated

    我需要替换'|'到标签中，以便我可以分析我的人类注释基因组数据（200 + mb）。我是一位研究助理，学习如何以最简单/最简单的方式分析/操纵测序数据，以便我可以在更多数据上复制这些数据。 这里我的数据是怎样的。在一个文件中有大约400,000行这种类型的数据。 ANN=C|downstream_gene_variant|MODIFIER|OR4G4P|ENSG00000268020|trans
    python genome sequencing 2015-10-20

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    在Trimmomatic中，滑动窗口是否有任何默认值？

    如果我给AVGQUAL命令：20没有滑动窗口它会设置滑动窗口的任何默认值？
    command-line-interface bioinformatics sequencing 2017-06-15

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    在python中查找两个字符串之间的特定模式 - fastq文件 - 测序读取

    我试图在python中编写代码，这将帮助我查找两个特定字符串之间的字符串。当我用一个字符串实现代码时，我会得到所需的输出。但是，我需要在一系列序列中匹配模式。它一直抛出我一个错误。 定义一个函数来寻找两个用户指定的序列之间的模式： import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".form
    python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

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    是否有可用的嵌合序列检测的任何开放源代码工具？

    是否有用于检测和从16S，WGS除去嵌合序列的任何工具，WTS以外USearch序列。另一种方法应该是开源的，这样它可以被用于商业用途。
    bioinformatics genome sequencing 2017-06-22
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