fastq

2热度

1回答

从SeqIO.index生成的字典中删除项目

我正在使用Python 2.6.6，并且我试图删除中的，它们与file1中的读取重叠（即相同）。这里是代码我想实现： ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fastq") for spk in spk_reads: if spk in ref_r

python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

---

0热度

1回答

在python中查找两个字符串之间的特定模式 - fastq文件 - 测序读取

我试图在python中编写代码，这将帮助我查找两个特定字符串之间的字符串。当我用一个字符串实现代码时，我会得到所需的输出。但是，我需要在一系列序列中匹配模式。它一直抛出我一个错误。 定义一个函数来寻找两个用户指定的序列之间的模式： import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".form

python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

---

1热度

1回答

润多行同时bash的

所以我工作在一个集群中的脚本，我需要运行这个命令： convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C1-5_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C3-2_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f

bash fastq 2017-03-15

---

0热度

1回答

awk：匹配之前和之后的输出行

我刚开始使用bash，并且提出了有关使用'grep'循环'while'的问题的这个问题： grep issues when using two files - I've tried everything。 由于以下问题，我被告知在循环中使用'awk'而不是'grep' https://unix.stackexchange.com/questions/169716/why-is-using-a-sh

unix awk fastq 2017-08-16

---

0热度

1回答

Python完成脚本后挂起

我遇到了一种我从未见过的奇怪的Python行为。 我运行下面的代码： from __future__ import print_function, division import itertools import sys R1_file = sys.argv[1] R2_file = sys.argv[2] out_stats = sys.argv[3] def grouper(i

python itertools fastq bigdata 2016-04-23

---

0热度

1回答

为什么FastQC在使用Trim之后不工作？

我有一个FASTQ文件，我可以运行FASTQC程序来分析文件。但是当我使用trim_galore时，FASTQC（或trim_galore中的FASTQC选项）不再有效。 $ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz 这是输出： Started analysis of sub1_val_1.fq.gz Analysis complete for sub1_val_1.fq.gz

unix bioinformatics fasta fastq 2016-08-01

---

0热度

1回答

循环通过配对结束fastq读取

如何循环通过配对结束fastq文件？对于单端读取，你可以做以下 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0) break #do things writeFasta(fq,

r dna-sequence fastq 2017-02-17

---

1热度

1回答

计数和除去字符在不同的行

我在FASTQ格式，DNA序列数据这需要每记录一个4行的格式： @序列报头信息 序列 + 质量分数 序列行中的每个字符在质量得分线中都有相应的字符。所有序列包含8-9个碱基的条形码序列，接着是表示生物序列起点的引物区域。在条形码前面，可能有或可能不存在一些垃圾箱。我需要根据条形码将序列（及其相关信息）分成单独的文件，并在引物之前删除所有内容。对于序列本身，我可以使用grep做到这一点和sed（通过

bash awk sed fastq 2017-07-17

---

0热度

1回答

FastqGeneralIterator输出

我正在使用FastqGeneralIterator，但我发现它从fastq文件的第一行删除了@并且也删除了第三行（它删除了整个第三行）的信息。 我加了@第1行以下列方式： for line in open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq"): fout.write(line.replace('SEQ', '@SEQ')) 我也想加入3号线，以+开始，后面还有什么。例

biopython fastq 2015-10-13

---

0热度

1回答

即使声明了变量，“全局符号也需要显式包名”

我试图将fastq文件转换为fasta文件。这是我的代码。 #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; use vars; my $input=$ARGV[0]; my $output=$ARGV[1]; my $qual_length = 0 ，这是错误信息 syntax error at newfastq.pl line 9, near

perl fasta fastq 2016-11-22

---