biopython

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    我正在使用biopython来查找两个残基的C原子之间的距离,并且不断收到错误。这里是我的代码和错误: ``` >>> from Bio.PDB.mmtf import MMTFParser >>> structure = MMTFParser.get_structure_from_url('4mne') /Library/Python/2.7/site-packages/Bio/PDB/St

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    我使用Biopython和Python 3.x从PubMed数据库进行搜索。我正确地获得搜索结果,但接下来我需要提取搜索结果的所有日记名称(全名,而不仅仅是缩写)。目前我使用下面的代码: from Bio import Entrez from Bio import Medline Entrez.email = "[email protected]" handle = Entrez.esea

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    我试图寻找通过使用下面的代码的一些文章: handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="lung+cancer") record = Entrez.read(handle) 从record['Count']我可以看到有293279分的结果,但是当我看到record['IdList']它只给我20个ID。这是为什么?我如何获得所有293279记录?

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    我有一个ent文件,压缩到.gz。我需要阅读它并将其放入Biopython分析器中。问题是解析器需要文件路径或文件对象,但我改为使用gzip文件。现在我把它转换是这样的: file_path = 'file.ent.gz' # path to current file file = gzip.open(file_path, 'rb') content = file.read() # its

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    有没有办法在gpuArray类型中使用共享矩阵做arrayfun? 在我的情况下,我想做一个gpuArray矩阵的两列或两列以上的总和,但我不知道如何实现在gpuFunction,arrayfun是最好的选择? 我想在CUDA中做这个简单的操作,因为我需要用不同的组合来做这种操作的数百万次。 非常感谢。 我要去better.If你看我的问题是这样的 functionarrayfun = @(行)f

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    我要生成硒代半胱氨酸的标志,但是当我选择的选项与reduced_protein_alphabet我得到错误“但却难免重复字母” weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry

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    我试图用Biopython提取所有DNA序列从包含有以下的短DNA序列匹配一个FASTA文件:“GGCTCAACCCTGGA” 以下是我迄今为止: from Bio import SeqIO source = "rep_set_no_spaces.fasta" outfile = "rep_set_PNA_matches.fasta" seq1 = "GGCTCAACCCTGGA" #

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    显示我已经在“\” [默认]路径使用Windows任务计划程序GUI中定义了一些预定的任务,但是当我在PowerShell中运行Get-ScheduledTask,它不归还。为什么? 我试图与Get-ScheduledTask -TaskName "MyTaskName"我的任务名称之一,但它与 其实我已经试过https://library.octopusdeploy.com/step-templ

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    我有一个完全垂直的<path>,应用了较厚的描边宽度。我想给它添加一个遮罩(即mask="url(#...)"),但是当我这样做时,(我该如何放置它?)当计算可见区域时,笔划被忽略。这里有一个代码片段: function toggleMask() { var path = $('path'); if (path.attr('mask')) { path.r

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    我正在用Flot绘制股票数据。如果我绘制一天,它工作正常。如果我在同一图表中绘制了2天或更多天,则在第一天结束和第二天开始之间有一段很长的路线。 正确,海军报认为没有数据(市场休市),因此只是画线,以新的一天的开始。 我怎样才能得到FLOT忽略市场收盘​​(美国东部时间16)和市场开放(9:30 AM EST)之间的时间? 图片附: 我的绘图数据是: $(function() { $.p