fasta

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    我是一名具有0个计算机技能的生物学家,但我需要一个简单的脚本将大量DNA序列划分为更小的.fasta进行BLAST搜索。我一直浏览这个网站几天,找到一个无济于事的答案。我几乎从biopython食谱中复制了我的代码。为什么这不起作用? def batch_iterator(iterator, batch_size): entry = True # Make sure we loop on

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    有人能帮助我想出一个策略编辑我的FASTA文件,该文件有下列格式 sp|Q9NYW0|T2R10_HUMAN Taste receptor type 2 member 10 OS=Homo sapiens sp|Q9NYV9|T2R13_HUMAN Taste receptor type 2 member 13 OS=Homo sapiens 条目对于这些线,我需要将文本“_REVERSED

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    有人可以解释给我一些这方面的具体行语法(这是不长,中庸之道3线)对于这一点,它是用于创建字典的定义,并从文件写在它containang fastas序列使用nameHandle: 行我不明白是不# def getfasta(file): #creating the definition nameHandle=open('fastas.txt,'r') #(this is f

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    我有一个fasta文件。我需要删除含有“N”或不含至少3个独特碱基的序列。 目前为止的代码如下。另外,我将如何删除序列ID行,以便删除序列。 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open FILE, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[1]" for input: $!\n}; ope

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    我试图用Biopython提取所有DNA序列从包含有以下的短DNA序列匹配一个FASTA文件:“GGCTCAACCCTGGA” 以下是我迄今为止: from Bio import SeqIO source = "rep_set_no_spaces.fasta" outfile = "rep_set_PNA_matches.fasta" seq1 = "GGCTCAACCCTGGA" #

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    我有基因序列文件,我想更改每个基因的标题。这里是输入: >lcl|CP000046.1_cds_AAW37389.1_1 [gene=dnaA] [locus_tag=SACOL0001] [protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] [protein_id=AAW37389.1] [location=544..1905] [gb

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    所以我一直在尝试与Biopython合作,而且我相当新。我的代码: fasta_string = open("C:\\Users\\saeed\\Desktop\\dna2.fasta").read() print('1') result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) print('2') blast_rec

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    我有两个文件: ID.txt含蛋白质的ID,像这样: KKP65897.1 KKP42119.1 KKP91065.1 OGY93232.1 另一个文件是nr.faa。它是从NCBI下载的数据库fasta格式文件。它是这样的: >KKP42119.1 hypothetical protein DDB_G027....... MASTQNTVEEVAQJML....... >KKP65

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    我在我的文件夹中有一堆TSV文件,并且对于其中一个人我希望获得一个fasta文件,其中标志'>'后面的标头是文件的名称。 我的TSV文件具有5列,而不头: 因此: inputfile中称为: “A.coseq.table_headless.tsv” HIV1B-pol-seed 15 MAX 1959 GTAACAGACTCACAATATGCATTAGGAATCATTCAAGC 输出文件名为 “A

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    我试图制作的代码是关于将含有来自DNA或mRNA的核苷酸(U,T,C,G或A)的FASTA文件翻译成氨基酸。它运行得很好,但是当我运行我的程序时,它报告了一些我不明白的错误,即使我试图修复它,但它不起作用。你们能给我一些提示吗?我搜寻了一些可能的解决方案,但对我来说太难理解了。 我的代码 #!/bin/usr/env python3 import sys codontable = {