我是一名具有0个计算机技能的生物学家,但我需要一个简单的脚本将大量DNA序列划分为更小的.fasta进行BLAST搜索。我一直浏览这个网站几天,找到一个无济于事的答案。我几乎从biopython食谱中复制了我的代码。为什么这不起作用? def batch_iterator(iterator, batch_size):
entry = True # Make sure we loop on
有人能帮助我想出一个策略编辑我的FASTA文件,该文件有下列格式 sp|Q9NYW0|T2R10_HUMAN Taste receptor type 2 member 10 OS=Homo sapiens
sp|Q9NYV9|T2R13_HUMAN Taste receptor type 2 member 13 OS=Homo sapiens
条目对于这些线,我需要将文本“_REVERSED
有人可以解释给我一些这方面的具体行语法(这是不长,中庸之道3线)对于这一点,它是用于创建字典的定义,并从文件写在它containang fastas序列使用nameHandle: 行我不明白是不# def getfasta(file): #creating the definition
nameHandle=open('fastas.txt,'r') #(this is f
我有一个fasta文件。我需要删除含有“N”或不含至少3个独特碱基的序列。 目前为止的代码如下。另外,我将如何删除序列ID行,以便删除序列。 #!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
open FILE, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[1]" for input: $!\n};
ope