mRNA/DNA与蛋白质

Question

我试图制作的代码是关于将含有来自DNA或mRNA的核苷酸（U，T，C，G或A）的FASTA文件翻译成氨基酸。它运行得很好，但是当我运行我的程序时，它报告了一些我不明白的错误，即使我试图修复它，但它不起作用。你们能给我一些提示吗？我搜寻了一些可能的解决方案，但对我来说太难理解了。

我的代码

#!/bin/usr/env python3 

import sys 


codontable = { 
'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'Stop', 'TAG':'Stop', 
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'Stop', 'TGG':'W', 
'AUA':'I', 'AUC':'I', 'AUU':'I', 'AUG':'M', 
'ACU':'U', 'AAU':'N', 'AGU':'S', 'CUA':'L', 
'CUG':'L', 'CUG':'L', 'CUU':'L', 'CCU':'P', 
'CAU':'H', 'CGU':'R', 'GUA':'V', 'GUC':'V', 
'GUG':'V', 'GUU':'V', 'GCU':'A', 'GAU':'D', 
'GGU':'G', 'UCA':'S', 'UCC':'S', 'UCG':'S', 
'UCU':'S', 'UUC':'F', 'UUU':'F', 'UUA':'L', 
'UUG':'L', 'UAC':'Y', 'UAU':'Y', 'UAA':'Stop', 
'UAG':'Stop', 'UGC':'C', 'UGU':'C', 'UGA':'Stop', 
'UGG':'W'} 


def divideintriplets(startwhere, moveover = 3): 
    startwhere = int(startwhere) 
    moveover = int(moveover) 
    readwhere = startwhere + moveover 
    triplet = sequence[startwhere:readwhere] 
    amino = codontable[triplet] 
    lentriplet = len(triplet) 
    if lentriplet == 3: 
     return amino 
    else: 
     return None 

list_trans_nucl = [] 
filenames = sys.argv[1:] 
startwhere = input('n\Where to start with counting? Choose one; \n1: Start counting at the first nucleotide. \n2: Start counting at the second nucleotide. \n3: Start counting at the third nucleotide. \n') 
for file in filenames: 
    count = 0 
    contains_aminoacid = False 
    inputfile = open(file) 
    for line in inputfile: 
      if not line.startswith('>'): 
       sequence = line.strip("") 
       count += len(sequence) 
       trans_nucl = divideintriplets(startwhere) 
       list_trans_nucl.append(trans_nucl) 
       for element in sequence: 
        if element not in ['A', 'T', 'C', 'G', 'U']: 
         contains_aminoacid = True 
       if contains_aminoacid is False: 
        print(list_trans_nucl) 
        print("This file contains ", count, "nucleotides") 

什么我的命令提示符下说什么是错的

Traceback (most recent call last): 
    File "C:\Users\Desktop\CCR5\DNA_mRNA_translator.py", line 61, in <module> 
trans_nucl = divideintriplets(startwhere) 
    File "C:\Users\Desktop\CCR5\DNA_mRNA_translator.py", line 41, in divideintriplets 
amino = codontable[triplet] 
KeyError: '' 

>gi|255652911:5001-11065 | Homo sapiens chemokine (C-C motif) receptor 5 (gene/pseudogene) (CCR5), RefSeqGene on chromosome 3 
 
CTTCAGATAGATTATATCTGGAGTGAAGAATCCTGCCACCTATGTATCTGGCATAGTGTGAGTCCTCATA 
 
AATGCTTACTGGTTTGAAGGGCAACAAAATAGTGAACAGAGTGAAAATCCCCACTAAGATCCTGGGTCCA 
 
GAAAAAGATGGGAAACCTGTTTAGCTCACCCGTGAGCCCATAGTTAAAACTCTTTAGACAACAGGTTGTT 
 
TCCGTTTACAGAGAACAATAATATTGGGTGGTGAGCATCTGTGTGGGGGTTGGGGTGGGATAGGGGATAC 
 
GGGGAGAGTGGAGAAAAAGGGGACACAGGGTTAATGTGAAGTCCAGGATCCCCCTCTACATTTAAAGTTG 
 
GTTTAAGTTGGCTTTAATTAATAGCAACTCTTAAGATAATCAGAATTTTCTTAACCTTTTAGCCTTACTG 
 
TTGAAAAGCCCTGTGATCTTGTACAAATCATTTGCTTCTTGGATAGTAATTTCTTTTACTAAAATGTGGG 
 
CTTTTGACTAGATGAATGTAAATGTTCTTCTAGCTCTGATATCCTTTATTCTTTATATTTTCTAACAGAT 
 
TCTGTGTAGTGGGATGAGCAGAGAACAAAAACAAAATAATCCAGTGAGAAAAGCCCGTAAATAAACCTTC 
 
AGACCAGAGATCTATTCTCTAGCTTATTTTAAGCTCAACTTAAAAAGAAGAACTGTTCTCTGATTCTTTT 
 
CGCCTTCAATACACTTAATGATTTAACTCCACCCTCCTTCAAAAGAAACAGCATTTCCTACTTTTATACT 
 
GTCTATATGATTGATTTGCACAGCTCATCTGGCCAGAAGAGCTGAGACATCCGTTCCCCTACAAGAAACT 
 
CTCCCCGGTAAGTAACCTCTCAGCTGCTTGGCCTGTTAGTTAGCTTCTGAGATGAGTAAAAGACTTTACA 
 
GGAAACCCATAGAAGACATTTGGCAAACACCAAGTGCTCATACAATTATCTTAAAATATAATCTTTAAGA 
 
TAAGGAAAGGGTCACAGTTTGGAATGAGTTTCAGACGGTTATAACATCAAAGATACAAAACATGATTGTG 
 
AGTGAAAGACTTTAAAGGGAGCAATAGTATTTTAATAACTAACAATCCTTACCTCTCAAAAGAAAGATTT 
 
GCAGAGAGATGAGTCTTAGCTGAAATCTTGAAATCTTATCTTCTGCTAAGGAGAACTAAACCCTCTCCAG 
 
TGAGATGCCTTCTGAATATGTGCCCACAAGAAGTTGTGTCTAAGTCTGGTTCTCTTTTTTCTTTTTCCTC 
 
CAGACAAGAGGGAAGCCTAAAAATGGTCAAAATTAATATTAAATTACAAACGCCAAATAAAATTTTCCTC 
 
TAATATATCAGTTTCATGGCACAGTTAGTATATAATTCTTTATGGTTCAAAATTAAAAATGAGCTTTTCT 
 
AGGGGCTTCTCTCAGCTGCCTAGTCTAAGGTGCAGGGAGTTTGAGACTCACAGGGTTTAATAAGAGAAAA 
 
TTCTCAGCTAGAGCAGCTGAACTTAAATAGACTAGGCAAGACAGCTGGTTATAAGACTAAACTACCCAGA 
 
ATGCATGACATTCATCTGTGGTGGCAGACGAAACATTTTTTATTATATTATTTCTTGGGTATGTATGACA 
 
ACTCTTAATTGTGGCAACTCAGAAACTACAAACACAAACTTCACAGAAAATGTGAGGATTTTACAATTGG 
 
CTGTTGTCATCTATGACCTTCCCTGGGACTTGGGCACCCGGCCATTTCACTCTGACTACATCATGTCACC 
 
AAACATCTGATGGTCTTGCCTTTTAATTCTCTTTTCGAGGACTGAGAGGGAGGGTAGCATGGTAGTTAAG 
 
AGTGCAGGCTTCCCGCATTCAAAATCGGTTGCTTACTAGCTGTGTGGCTTTGAGCAAGTTACTCACCCTC 
 
TCTGTGCTTCAAGGTCCTTGTCTGCAAAATGTGAAAAATATTTCCTGCCTCATAAGGTTGCCCTAAGGAT 
 
TAAATGAATGAATGGGTATGATGCTTAGAACAGTGATTGGCATCCAGTATGTGCCCTCGAGGCCTCTTAA 
 
TTATTACTGGCTTGCTCATAGTGCATGTTCTTTGTGGGCTAACTCTAGCGTCAATAAAAATGTTAAGACT 
 
GAGTTGCAGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCATTCTAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCG 
 
CTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGTGATCTTGTATCTATAAAAATAAACAAAA 
 
TTAGCTTGGTGTGGTGGCGCCTGTAGTCCCCAGCCACTTGGAGGGGTGAGGTGAGAGGATTGCTTGAGCC 
 
CGGGATGGTCCAGGCTGCAGTGAGCCATGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACC 
 
CTGTCTCACAACAACAACAACAACAACAAAAAGGCTGAGCTGCACCATGCTTGACCCAGTTTCTTAAAAT 
 
TGTTGTCAAAGCTTCATTCACTCCATGGTGCTATAGAGCACAAGATTTTATTTGGTGAGATGGTGCTTTC 
 
ATGAATTCCCCCAACAGAGCCAAGCTCTCCATCTAGTGGACAGGGAAGCTAGCAGCAAACCTTCCCTTCA 
 
CTACAAAACTTCATTGCTTGGCCAAAAAGAGAGTTAATTCAATGTAGACATCTATGTAGGCAATTAAAAA 
 
CCTATTGATGTATAAAACAGTTTGCATTCATGGAGGGCAACTAAATACATTCTAGGACTTTATAAAAGAT 
 
CACTTTTTATTTATGCACAGGGTGGAACAAGATGGATTATCAAGTGTCAAGTCCAATCTATGACATCAAT 
 
TATTATACATCGGAGCCCTGCCAAAAAATCAATGTGAAGCAAATCGCAGCCCGCCTCCTGCCTCCGCTCT 
 
ACTCACTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTGGTCATCCTCATCCTGATAAACTGCAAAAG 
 
GCTGAAGAGCATGACTGACATCTACCTGCTCAACCTGGCCATCTCTGACCTGTTTTTCCTTCTTACTGTC 
 
CCCTTCTGGGCTCACTATGCTGCCGCCCAGTGGGACTTTGGAAATACAATGTGTCAACTCTTGACAGGGC 
 
TCTATTTTATAGGCTTCTTCTCTGGAATCTTCTTCATCATCCTCCTGACAATCGATAGGTACCTGGCTGT 
 
CGTCCATGCTGTGTTTGCTTTAAAAGCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTGATCACTTGG 
 
GTGGTGGCTGTGTTTGCGTCTCTCCCAGGAATCATCTTTACCAGATCTCAAAAAGAAGGTCTTCATTACA 
 
CCTGCAGCTCTCATTTTCCATACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAGACATTAAAGATAGTCAT 
 
CTTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTTGTCATGGTCATCTGCTACTCGGGAATCCTAAAAACTCTGCTTCGG 
 
TGTCGAAATGAGAAGAAGAGGCACAGGGCTGTGAGGCTTATCTTCACCATCATGATTGTTTATTTTCTCT 
 
TCTGGGCTCCCTACAACATTGTCCTTCTCCTGAACACCTTCCAGGAATTCTTTGGCCTGAATAATTGCAG 
 
TAGCTCTAACAGGTTGGACCAAGCTATGCAGGTGACAGAGACTCTTGGGATGACGCACTGCTGCATCAAC 
 
CCCATCATCTATGCCTTTGTCGGGGAGAAGTTCAGAAACTACCTCTTAGTCTTCTTCCAAAAGCACATTG 
 
CCAAACGCTTCTGCAAATGCTGTTCTATTTTCCAGCAAGAGGCTCCCGAGCGAGCAAGCTCAGTTTACAC 
 
CCGATCCACTGGGGAGCAGGAAATATCTGTGGGCTTGTGACACGGACTCAAGTGGGCTGGTGACCCAGTC 
 
AGAGTTGTGCACATGGCTTAGTTTTCATACACAGCCTGGGCTGGGGGTGGGGTGGGAGAGGTCTTTTTTA 
 
AAAGGAAGTTACTGTTATAGAGGGTCTAAGATTCATCCATTTATTTGGCATCTGTTTAAAGTAGATTAGA 
 
TCTTTTAAGCCCATCAATTATAGAAAGCCAAATCAAAATATGTTGATGAAAAATAGCAACCTTTTTATCT 
 
CCCCTTCACATGCATCAAGTTATTGACAAACTCTCCCTTCACTCCGAAAGTTCCTTATGTATATTTAAAA 
 
GAAAGCCTCAGAGAATTGCTGATTCTTGAGTTTAGTGATCTGAACAGAAATACCAAAATTATTTCAGAAA 
 
TGTACAACTTTTTACCTAGTACAAGGCAACATATAGGTTGTAAATGTGTTTAAAACAGGTCTTTGTCTTG 
 
CTATGGGGAGAAAAGACATGAATATGATTAGTAAAGAAATGACACTTTTCATGTGTGATTTCCCCTCCAA 
 
GGTATGGTTAATAAGTTTCACTGACTTAGAACCAGGCGAGAGACTTGTGGCCTGGGAGAGCTGGGGAAGC 
 
TTCTTAAATGAGAAGGAATTTGAGTTGGATCATCTATTGCTGGCAAAGACAGAAGCCTCACTGCAAGCAC 
 
TGCATGGGCAAGCTTGGCTGTAGAAGGAGACAGAGCTGGTTGGGAAGACATGGGGAGGAAGGACAAGGCT 
 
AGATCATGAAGAACCTTGACGGCATTGCTCCGTCTAAGTCATGAGCTGAGCAGGGAGATCCTGGTTGGTG 
 
TTGCAGAAGGTTTACTCTGTGGCCAAAGGAGGGTCAGGAAGGATGAGCATTTAGGGCAAGGAGACCACCA 
 
ACAGCCCTCAGGTCAGGGTGAGGATGGCCTCTGCTAAGCTCAAGGCGTGAGGATGGGAAGGAGGGAGGTA 
 
TTCGTAAGGATGGGAAGGAGGGAGGTATTCGTGCAGCATATGAGGATGCAGAGTCAGCAGAACTGGGGTG 
 
GATTTGGGTTGGAAGTGAGGGTCAGAGAGGAGTCAGAGAGAATCCCTAGTCTTCAAGCAGATTGGAGAAA 
 
CCCTTGAAAAGACATCAAGCACAGAAGGAGGAGGAGGAGGTTTAGGTCAAGAAGAAGATGGATTGGTGTA 
 
AAAGGATGGGTCTGGTTTGCAGAGCTTGAACACAGTCTCACCCAGACTCCAGGCTGTCTTTCACTGAATG 
 
CTTCTGACTTCATAGATTTCCTTCCCATCCCAGCTGAAATACTGAGGGGTCTCCAGGAGGAGACTAGATT 
 
TATGAATACACGAGGTATGAGGTCTAGGAACATACTTCAGCTCACACATGAGATCTAGGTGAGGATTGAT 
 
TACCTAGTAGTCATTTCATGGGTTGTTGGGAGGATTCTATGAGGCAACCACAGGCAGCATTTAGCACATA 
 
CTACACATTCAATAAGCATCAAACTCTTAGTTACTCATTCAGGGATAGCACTGAGCAAAGCATTGAGCAA 
 
AGGGGTCCCATAGAGGTGAGGGAAGCCTGAAAAACTAAGATGCTGCCTGCCCAGTGCACACAAGTGTAGG 
 
TATCATTTTCTGCATTTAACCGTCAATAGGCAAAGGGGGGAAGGGACATATTCATTTGGAAATAAGCTGC 
 
CTTGAGCCTTAAAACCCACAAAAGTACAATTTACCAGCCTCCGTATTTCAGACTGAATGGGGGTGGGGGG 
 
GGCGCCTTAGGTACTTATTCCAGATGCCTTCTCCAGACAAACCAGAAGCAACAGAAAAAATCGTCTCTCC 
 
CTCCCTTTGAAATGAATATACCCCTTAGTGTTTGGGTATATTCATTTCAAAGGGAGAGAGAGAGGTTTTT 
 
TTCTGTTCTGTCTCATATGATTGTGCACATACTTGAGACTGTTTTGAATTTGGGGGATGGCTAAAACCAT 
 
CATAGTACAGGTAAGGTGAGGGAATAGTAAGTGGTGAGAACTACTCAGGGAATGAAGGTGTCAGAATAAT 
 
AAGAGGTGCTACTGACTTTCTCAGCCTCTGAATATGAACGGTGAGCATTGTGGCTGTCAGCAGGAAGCAA 
 
CGAAGGGAAATGTCTTTCCTTTTGCTCTTAAGTTGTGGAGAGTGCAACAGTAGCATAGGACCCTACCCTC 
 
TGGGCCAAGTCAAAGACATTCTGACATCTTAGTATTTGCATATTCTTATGTATGTGAAAGTTACAAATTG 
 
CTTGAAAGAAAATATGCATCTAATAAAAAACACCTTCTAAAATAA

Answer 1

从世界卫生大会t我可以看到问题是密钥''不存在于您的初始变量codontable中。我的猜测是你提供的输入文件是空的键。

Answer 2

此代码有一些问题：

1）这是一个无操作？

sequence = line.strip("") 

我建议：

sequence = line.rstrip() 

，直到你有机会在strip()及其变种阅读起来。

2）本试验涉及的是假定数据是OK的代码之后：

amino = codontable[triplet] 
lentriplet = len(triplet) 
if lentriplet == 3: 

如果lentriplet不是3，你应该已经在codontable看着它？

3）该试验涉及的是假定数据是OK的代码之后：

trans_nucl = divideintriplets(startwhere) 
... 
for element in sequence: 
    if element not in ['A', 'T', 'C', 'G', 'U']: 
     contains_aminoacid = True 
    if contains_aminoacid is False: 

如果这不是一个nuecleotide序列，你为什么要首先把它分成三胞胎？先测试，如果没问题，继续。不是相反的。

4）核苷酸序列'CUG'在词典中定义两次。

5）divideintriplets不应该返回错误None如果主叫方不检查任何错误：

trans_nucl = divideintriplets(startwhere) 
list_trans_nucl.append(trans_nucl) 

6）关键“你似乎是刚刚脱下第一三，和投掷剩下的事情“@JohnColeman提到的事情。

7）其他的东西，如list_trans_nucl = []应该（重新）为每个文件初始化，而不是一次。

我的代码的返工，SANS密码子表：

import sys 

codontable = { 
... 
} 

def divideintriplets(sequence, startwhere, moveover=3): 

    codons = [] 
    length = len(sequence) 

    readwhere = startwhere + moveover 

    while readwhere < length: 

     triplet = sequence[startwhere:readwhere] 

     assert len(triplet) == 3 
     assert triplet in codontable 

     codons.append(codontable[triplet]) 

     startwhere += moveover 
     readwhere = startwhere + moveover 

    return codons 

filenames = sys.argv[1:] 

startwhere = input('\nWhere to start with counting? Choose one; \n1: Start counting at the first nucleotide. \n2: Start counting at the second nucleotide. \n3: Start counting at the third nucleotide. \n') 

for filename in filenames: 
    list_trans_nucl = [] 
    count = 0 
    contains_nuecleotides = True 

    with open(filename) as inputfile: 

     for line in inputfile: 
      if not line.startswith('>'): 
       sequence = line.rstrip() 

       for element in sequence: 
        if element not in 'ATCGU': 
         contains_nuecleotides = False 
         break 
       if not contains_nuecleotides: 
        break 

       count += len(sequence) 
       trans_nucl = divideintriplets(sequence, int(startwhere)) 
       list_trans_nucl.extend(trans_nucl) 

     print(list_trans_nucl) 
     print("File", filename, "contains", count, "nucleotides") 

输出

% python3 test.py file0.fasta 

Where to start with counting? Choose one; 
1: Start counting at the first nucleotide. 
2: Start counting at the second nucleotide. 
3: Start counting at the third nucleotide. 
1 
['F', 'R', 'Stop', 'I', 'I', 'S', 'G', 'V', 'K', 'N', 'P', 'A', 'T', 'Y', 'V', 'S', 'G', 'I', 'V', 'Stop', 'V', 'L', 'M', 'L', 'T', 'G', 'L', 'K', 'G', 'N', 'K', 'I', 'V', 'N', 'R', 'V', 'K', 'I', 'P', 'T', 'K', 'I', 'L', 'G', 'K', 'K', 'M', 'G', 'N', 'L', 'F', 'S', 'S', 'P', 'V', 'S', 'P', 'Stop', 'L', 'K', 'L', 'F', 'R', 'Q', 'Q', 'V', 'P', 'F', 'T', 'E', 'N', 'N', 'N', 'I', 'G', 'W', 'Stop', 'A', 'S', 'V', 'W', 'G', 'L', 'G', 'W', 'D', 'R', 'G', 'G', 'R', 'V', 'E', 'K', 'K', 'G', 'T', 'Q', 'G', 'Stop', 'C', 'E', 'V', 'Q', 'D', 'P', 'P', 'L', 'H', 'L', 'K', 'F', 'K', 'L', 'A', 'L', 'I', 'N', 'S', 'N', 'S', 'Stop', 'D', 'N', 'Q', 'N', 'F', 'L', 'N', 'L', 'L', 'A', 'L', 'Stop', 'K', 'A', 'L', 'Stop', 'S', 'C', 'T', 'N', 'H', 'L', 'L', 'L', 'G', 'Stop', 'Stop', 'F', 'L', 'L', 'L', 'K', 'C', 'F', 'Stop', 'L', 'D', 'E', 'C', 'K', 'C', 'S', 'S', 'S', 'S', 'D', 'I', 'L', 'Y', 'S', 'L', 'Y', 'F', 'L', 'T', 'L', 'C', 'S', 'G', 'M', 'S', 'R', 'E', 'Q', 'K', 'Q', 'N', 'N', 'P', 'V', 'R', 'K', 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