蛋白质组学数据的子网分析

Question

背景：我有来自7个样本的蛋白质组学数据（倍数变化的pvalue/log-score），我想通过网络（interactome）分析来分析数据。

问题：我喜欢从数据中创建所有蛋白质的interactome，并将蛋白质映射到具有显着的pvalue（与对照比较）的网络中，之后我喜欢创建子网络;也喜欢将通路丰富化添加到子网络。

请求：请建议符合我的要求的在线或独立工具（或算法）。

谢谢！

Answer 1

为了创建网络图表来表示您的蛋白质 - 蛋白质相互作用，我建议看看networkx库。您可以使用它来传递一些节点（感兴趣的蛋白质）和边缘（交互）并生成一个图。我相信它也可以生成这些图的子网。