我试图创建一个程序其转化使用以下词典由用户输入到3替代蛋白序列的DNA序列(密码子是键,氨基酸是值):DNA与蛋白质序列
{'TGA': '*', 'GCG': 'A', 'CGA': 'R', 'ATA': 'I', 'AGA': 'R', 'TAA': '*', 'TTT': 'F', 'GAG': 'E', 'CTT': 'L', 'CGT': 'R', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'TGT': 'C', 'CCA': 'P', 'AAT': 'N', 'GTC': 'V', 'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'TAT': 'Y', 'AAA': 'K', 'GTA': 'V', 'TAG': '*', 'CGC': 'R', 'GCA': 'A', 'TCG': 'S', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'TGG': 'W', 'TTC': 'F', 'CCC': 'P', 'TTG': 'L', 'CGG': 'R', 'GGC': 'G', 'AGG': 'R', 'TCC': 'S', 'CCT': 'P', 'GGT': 'G', 'GGG': 'G', 'TCA': 'S', 'AGC': 'S', 'CAG': 'Q', 'CAC': 'H', 'ATC': 'I', 'GAA': 'E', 'GTG': 'V', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'AAG': 'K', 'ATG': 'M', 'AAC': 'N', 'TAC': 'Y', 'TGC': 'C', 'CTA': 'L', 'TCT': 'S', 'ATT': 'I', 'ACG': 'T', 'AGT': 'S', 'GTT': 'V', 'TTA': 'L', 'CAA': 'Q', 'GGA': 'G', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACT': 'T'}
我想只使用映射而不是biopython。 所以,当程序运行它应该是这样的:
Please enter a DNA sequence: GCTgttaagactatgaaaagaataagcaacaccatcaat
Frame 1 is AVKTMKRISNTIN
Frame 2 is LLRL*KE*ATPS
Frame 3 is C*DYEKNKQHHQ
我创建从一个文件本词典,但我不能确定如何从这里开始。任何帮助将不胜感激。谢谢!
感谢这么多的快速响应! 这适用于第1帧,所以我假设其他帧我必须编辑返回[arr [i:i +尺寸]为我在范围内(0,len(arr),尺寸)]至 范围(1,len (arr),大小)? – zmoores1
@ zmoores1我不知道你如何确定其他框架。你有其他的字典吗?不熟悉蛋白质。 – Uriel
框架1从序列中的字符1开始 框架2应该从第二个字符开始,并且框架3从第三个字符开始 忽略整个蛋白质/ DNA的方面,并从字典映射视图看它 – zmoores1