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我有想出在Excel中可用的条件格式公式以突出图案麻烦的Excel条件格式。 Phase Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 {0-} lm ll lm lm ll lm ll lm {0-} lm ll lm lm ll lm ll lm {1-} lm ll ll lm lm ll lm ll

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Python字典遗传学和fastas序列语法

有人可以解释给我一些这方面的具体行语法（这是不长，中庸之道3线）对于这一点，它是用于创建字典的定义，并从文件写在它containang fastas序列使用nameHandle：行我不明白是不＃ def getfasta(file): #creating the definition nameHandle=open('fastas.txt,'r') #(this is f

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调试 - 功率计算器功能和情节

后在安装CATS包（2013年）和R的变化版本，并没有什么几次失败的尝试，我决定从here 的源代码工作，我创建了一个单R从包中所有的R功能的脚本，我跑他们，然后我就希望这个代码将运行下面的代码结束绘制权力的例子： super.cats<-function(RR,MAFmax=0.5,MAFmin=0.005,by=50,rep=1536,SNPs=1E6,ncases,ncontrols,nc

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如何找到LD和MAF匹配到另一个感兴趣的列表的SNP列表

我是遗传学初学者。我有一个感兴趣的SNP列表，我想找到与LD和MAF匹配的SNP的另一个列表。有没有什么软件可以这样做？这可以在PLINK中完成吗？我真的不知道如何使用PLINK。

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在Python中实现遗传算法：使用健身对列表进行排序

我需要根据健身对有机体列表进行排序。这可能是最简单的事情，但我遇到了麻烦。这里超级业余。这是我的代码： import random as randint pop_size = int(raw_input('Enter a population size:')) length = int(raw_input('Enter an orgnaism length:')) for i in r

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删除某个值下的矩阵元素

我有一个矩阵的维度如下，矩阵包含一组遗传变异之间的计算距离，我想创建一个新的矩阵或修改PosDiff矩阵只有距离小于或等于500,000。 dim(PosDiff) [1] 597 41099 我已经试过subset()，setdiff()并获得靠不住的结果，如与1列矩阵和41099个意见感谢

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次要等位基因频率匹配？

我有一个SNP列表，我已经从1000个基因组飞行员1中获得了MAF和LD的代理SNP。我想知道大家什么时候提到MAF匹配，他们需要完全一样吗？例如，如果代理SNP具有MAF 0.37，则感兴趣的SNP具有MAF 0.35，是否可以用作良好代理？给定LD的两个> 0.8 是否绝对必须选择MAF等于0.35的代理？

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差异论文两个种基因型

的是什么与Ñ（任意> 0号）之间使用一个基因型的差异染色体与1（一）的基因，并用1（一）染色体中的基因型与Ñ（相同数字）基因？在代码： // 3 chromosomes with 1 gene each Genotype.of( DoubleChromosome.of(0,1), DoubleChromosome.of(0,1), DoubleChromosome.

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合并染色体Plink

我已经下载了1000G数据集的vcf格式。使用Plink 2.0我已经将它们转换成二进制格式。现在我需要合并1-22条染色体。我使用这个脚本： ${BIN}plink2 \ --bfile /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_w

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如何使用R在单个新数据框中输出来自多个模型的残差？

我想为一组静态针对多个不同的因变量和输出残差到一个新文件，看起来像自变量的运行多元回归模型... SampleID site_residual1 site_residual2 site_residual3 F001 0.003 0.988 0.776 F001 0.002 0.876 0.665 F002 0.134 0.234 0.786