如何找到LD和MAF匹配到另一个感兴趣的列表的SNP列表

我是遗传学初学者。我有一个感兴趣的SNP列表，我想找到与LD和MAF匹配的SNP的另一个列表。有没有什么软件可以这样做？这可以在PLINK中完成吗？我真的不知道如何使用PLINK。如何找到LD和MAF匹配到另一个感兴趣的列表的SNP列表

2017-02-18 Dizue

我不是一个遗传学家，但我有一个很难理解的SNP发现如何与统计。谨慎解释？ –

感谢您的意见。寻找与组1的LD中的另一组SNP（即组2）的原因是能够执行置换测试。就我而言，例如，组1是感兴趣的QTL，我想找到组2作为对照，以便生成置换的零分布，然后计算针对零分布的经验p值。但我不知道如何匹配MAF和LD！ – Dizue

你能否提供更多信息？你只有rs＃，还是你有基因型数据？请具体说明你已经尝试了什么，以及确切的问题在哪里。 – Vince

回答您的问题在注释：

我会建议使用1000Genomes，并在必要时限制少数民族人口。每个样本的原始人群见： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel。您可以使用PLINK中的--keep选项仅分析感兴趣的子集。
使用PLINK。 R可能会太慢，除非你使用优化的库。
见回答您的其他问题上的SO这里：Minor allele frequency matching?

2017-04-03 17:56:19 Vince

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