fasta

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Python - 如何识别FASTA文件中的EOL

我有一个python脚本需要逐字读取FASTA文件。为此，我一直在使用c = f.read(1)，其中f是打开的文件。我需要它来识别它何时到达行尾，但'\ n'和'\ r'似乎不起作用。我以前从来没有使用过这种文件类型，所以我不确定FASTA是不同的。有谁知道如何做到这一点？谢谢！ 编辑：EOF！= EOL。我知道如何找到文件的结尾。 编辑2：我使用搜索的EOL字符的行是这样的： if c ==

python eol fasta 2013-12-03

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如何读取python中的fasta文件？

我想读取一个fasta文件，然后找到特定的主题（字符串）并打印出它的序列和次数。一个fasta文件只是一系列以标题行开头的序列（字符串），而标题或新序列的开始标记为“>”。在一个新的行后立即标题是字母顺序。我没有完成代码，但到目前为止，我有这个，它给了我这个错误： AttributeError：'str'对象没有'next'的属性 我不确定这里有什么问题。 import re header="

python fasta 2013-12-14

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使用换行符分隔将内容从一个文件追加到另一个文件

我试图以一种与平台无关的方式复制Linux shell的cat功能，以便我可以将两个文本文件合并到下列方式： file_1包含： 42 bottles of beer on the wall file_2包含： Beer is clearly the answer 合并后的文件应包含： 42 bottles of beer on the wall Beer is clearly the

python python-2.7 concatenation fasta shutil 2013-12-16

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如何删除包含Ns个

我有像这样 ">ENS..._intronX acgtacgtacgtacgt ">ENS..._intronY acgtacgtNNNNa acgtacgtacgtacgt ">ENS..._intronZ acgtacgtacgtacgt acgtacgtacgtacgt 我需要在一排与至少2 N以除去序列（因为这些内含子misannotated）一个FASTA文件的fast

perl awk fasta 2013-11-01

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Python字典，使每一个奇数行向密钥和偶数行从文件

喜价值，我有一个文本文件中像这样： >NM_145914.2:212 TCTGATGGTAAAAGTCGAGGAGAAAGAAGA >NM_000614.3:1086 ATTCAATTTAAAATCAGACTCTTTAGTTGA >NM_012096.2:2808 CAGTTAAGGTTTCAAATTGTGGCAGGTGGT >NM_173465.3:1682 GTGCGTCGGGT

python dictionary fasta fastq 2014-01-05

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提取具有特定fasta ID的fasta序列块

我是python的新手，试图通过所有与我想要但尚未得到答案相关的问题。我想在具有特定fasta ID的文件中提取连续fasta序列的块，并将这些序列写入单独的文件中。文件内容是异构的（在某些地方，fasta ID后面没有序列）。输入文件是为这样： >ENS00000004062_species1 >ENS00000004062_species2 >ENS00000004062_species3

python fasta 2013-11-20

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在Perl中，我如何使用正则表达式从一个文件匹配另一个文件中的FASTA序列

我有两个文件，第一个（file1）包含几个rexeges，而另一个（file2）包含FASTA序列。我的意图是使用file1中的正则表达式来检查它们是否匹配file2中的任何Fasta序列，并打印匹配至少一个序列的任何正则表达式，以及它们匹配的序列的数量。我希望提供我的示例代码，但我甚至无法开始。请帮忙。 file1的结构是这样的：每行都有一个ID，后跟'>>'，然后是正则表达式; e.g FGE

regex perl fasta 2013-11-22

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的Python提取从字符串

的多行字符串我想提取输入文件中的字符串，如以下： >a11 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA >a11 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA >b22 UGGUCGACCAGUUGGAAAGUAAU >b22 ACUUCACCUGGUCCACUAGCCGU >b22 AGGUUGUCUGUGAUGAGUUCG >t33 UUAAUGCUAAUCGUGA

python string indexing extract fasta 2013-11-26

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如何使用kseq.h解析FASTA文件

我已经知道恒立这个库有一段时间了，但是我到现在还没有尝试过使用它，主要是因为直到现在python对我来说足够快。 这里是链接到报头：用于长度为序列行http://lh3lh3.users.sourceforge.net/kseq.shtml 当我尝试使用以下方法来解析的fasta文件，则返回-1。我查看了李的代码，这似乎主要是为了FASTQ解析而设计的，但他在他的网页上说过它也支持FASTA格式。

c bioinformatics fasta 2013-10-15

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Biopython SeqIO到Pandas Dataframe

我有一个FASTA文件，可以很容易地被SeqIO.parse解析。 我有兴趣提取序列号和序列长度。我用这些行做的，但我觉得这是waaaay太沉重（两次迭代，转换等） from Bio import SeqIO import pandas as pd # parse sequence fasta file identifiers = [seq_record.id for seq_recor

python pandas biopython fasta 2013-10-17

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