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    如何使用biopython编辑并保存Genbank文件的序列到新的genbank文件？

    我有一个.gbk文件是错误的，我有如下的 “Nuclotide地址：正确核苷酸”的格式更正列表 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... 我知道如何打开和详细解析原始序列与 list(SeqIO.parse(sys.argv[1], "genbank"))[0].seq 我只需要知道如何用我自己的核苷酸校正来替换它。我试过 seq_records[0].seq
    python biopython genbank 2016-04-07

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    仅使用biopython下载genbank文件的一部分

    我是Biopython的新手，解析genbank文件时出现性能问题。 我必须解析很多gb文件，我从中获得了编号。解析后，我只想检查文件的分类和机构。现在，我有这样的代码： from Bio import SeqIO from Bio import Entrez gb_acc1 = Entrez.efetch(db='nucleotide', id=access1, rettype='gb',
    python parsing biopython genbank 2016-07-27

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    如何获取给定GenBank登录码biopython的科学名称？

    有人知道我如何从GenBank中的数据中仅使用GenBank代码加入和biopython获得学名（或所有特征）。例如： >>> From Bio import Entrez >>> Entrez.email = [email protected] >>> Input = Entrez.someFunction(db="nucleotide", term="AY851612") >>> out
    python bioinformatics biopython genbank 2015-02-05

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    socket.gaierror下载genbank文件w/biopython

    我想从NCBI使用Biopython和登录号列表下载genbank文件（请注意，我将这个脚本的电子邮件地址作为参数，例如python scriptName.py EMAILADDRESS） import os import os.path import sys from Bio import Entrez import datetime
    python biopython ncbi genbank 2015-12-01

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    基于Python的关键字获取蛋白质FASTA序列

    我想从Python中收集来自Entrez的蛋白质FASTA序列2.7。我正在寻找其名称中含有关键字“terminase”和“large”的任何蛋白质。到目前为止，我得到这个代码： from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" searchResultHandle = Entrez.esearch(db="protein"
    python biopython ncbi genbank 2017-07-25

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    awk中双斜线记录分隔

    我试图分开基于字符串“//”的文件记录。 我已经试过是： awk -v RS="//" '{ print "******************************************\n\n"$0 }' myFile.gb 凡“******”等，仅仅是一个跟踪以显示我的记录是分裂。 但是，该文件还包含/（本身），我的跟踪******也被打印在那里，这意味着awk正在将它们解释为我的记
    bash awk genbank 2016-03-23

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    请帮助我从磁盘读取genbank文件并将其转换为fasta

    请指导我使用biosmalltalk（Pharo版）将GenBank序列转换为等效的FASTA格式。我已经想通过磁盘读取GenBank文件： |文件x y m | x：=时间millisecondClockValue。 file：= BioFile on：（FileStream readOnlyFileNamed：BioObject testFilesDirectoryName asFileRef
    smalltalk pharo fasta genbank 2014-09-26

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    从基因组gbff文件中提取元数据

    我有> 1000 .gbff.gz基因组文件，我想从每个文件中提取元数据，并在单独的列中包含元数据条目。
    metadata genetic genbank 2017-09-28

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    SeqIO：“在句柄中找不到记录”

    我刚刚开始使用Python和BioPython，没有太多的编程经验。我会很感激你们可以给我的任何帮助。 我试图从genbank中提取CDS和/或rRNA序列。重要的是我只能获得开放阅读框架，这就是为什么我不只是拉动整个序列。当我运行下面的代码，它踢回一个错误说：record = SeqIO.read(handle, "genbank")： 手柄 发现的代码行读取任何记录。我不知道如何解决这个问题。
    python bioinformatics biopython genbank 2014-03-25

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    Biopython不解析基因组序列

    一GBK文件，我写了一个使用基因库文件Biopython从GBK文件的序列部分，其同事在工作中使用给出获取基因序列的脚本。 现在我们遇到了一些新的数据集问题，事实证明，下载的GBK文件没有包含序列（从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生）。当使用record.seq[start:end]时，Biopython不会输出错误，而是返回一长串N。从一开始就通过错误消息来停止脚本的最简单方法是什么
    python biopython genbank 2014-08-28
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