UsageError：无法识别的参数：in％R行

由于我发现rpy2和在我的ipython笔记本中使用％R的可能性，我的编码变得更容易了。但我可能撞墙了。UsageError：无法识别的参数：in％R行

我需要从一个稳定的分布产生价值。我使用stabledist包从R.

我需要运行命令：当我定义我为A R细胞的细胞之一

 Fx = pstable(seq(-2,4,0.1), alpha =alfa_x, beta = -1, gamma = scale_x, delta = delta_x, pm = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE, subdivisions = 1000)

，我运行命令有：

 %%R 
     Fx = pstable(.....

一切正常。

但我需要把这个函数放在一个python脚本中。到目前为止，我已经使用了很多R包，并且数据的推送/拉取工作非常完美，所以它在Python脚本中使用了R代码行（使用％R rmagic）。

但是这一个

，如果我叫Python脚本中相同的封装和功能，以下列方式：

 python code... 
     %Rpush alfa_x 
     %Rpush scale_x 
     %Rpush delta_x 
     %R Fx = pstable(seq(-2,4,0.1), alpha =alfa_x, beta = -1, gamma = scale_x, delta = delta_x, pm = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE, subdivisions = 1000)

我得到的用法错误：

 UsageError: unrecognized arguments:.....

我基本上得到一些错误报告在这个老[线程] [1]

任何建议？

（我曾尝试我的Python代码中使用%% R，但它不会改变任何东西）

[1] https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issue/253/r-select-flights-year-day

来源

2015-06-11 claire

一种选择是使用经典的方式：

import rpy2.robjects as robjects 
FX= robjects.r(''' 
     pstable(seq(-2,4,0.1), 
        alpha =alfa_x, 
        beta = -1, 
        gamma = scale_x, 
        delta = delta_x, 
        pm = 1, lower.tail = TRUE, 
        log.p = FALSE, subdivisions = 1000) 
      ''')

来源

2015-06-11 21:37:16 agstudy

感谢。到目前为止，我设法避免了“经典”方式，因为它有点神秘。在这种情况下，我如何传递变量？我的seq（）实际上很长，我的脚本很慢（非常！）。谢谢 – claire

谢谢。测试和它的作品。作为一个方面说明，这两种方法需要相同的时间（我用％timeit测试它们）。我使用％Rpush命令传递了类似于我的答案中的变量，但是如果使用您的建议，我不必拉取结果％Rpull Fx，因此我可以保存该步骤。 – claire

我发现了一个解决方法，这一问题。但我想知道是否有适当的解决方案。

我创建的R细胞， “解决办法” 功能：

%%R 
library(stabledist) 
workaround_pstable <- function(x,alfa_x,scale_x,delta_x) 
{F = pstable(x, alpha =alfa_x, beta = -1, gamma = scale_x, delta = delta_x, pm = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE, subdivisions = 1000) 
return(F)}

，然后在IPython的电池我的Python代码中，我所说的解决办法功能

python code... 
%Rpush alfa_x 
%Rpush scale_x 
%Rpush delta_x 
%R Fx = workaround_pstable(Id_unique,alfa_x,scale_x, delta_x)

它的工作。

来源

2015-06-11 21:36:39 claire

你可能会只调用R函数由rpy2外露达到更好的代码清晰：

from rpy2 import robjects 
# get whatever is called "pstable", just like when writing 
# "pstable" in the R console 
pstable = robjects.globalenv.get('pstable') 
# same for seq... but since I know that it is coming from base, I 
# get it from there 
seq = robjects.baseenv['seq'] 
Fx = pstable(seq(-2,4,0.1), 
      alpha = alfa_x, 
      beta = -1, 
      gamma = scale_x, 
      delta = delta_x, 
      pm = 1, 
      lower_tail = True, 
      log_p = False, 
      subdivisions = 1000)

来源

2015-06-12 22:00:44 lgautier

谢谢 - 这也是一个不错的选择。我会对它进行测试，尤其是看看运行它所需时间是否有所改进。 – claire

UsageError：无法识别的参数：in％R行

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