blast

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    在r中等待结果或超时的循环

    我已经在r中编写了一个非常快速的高级脚本，以便与NCBI blast API进行交互。然而，有时候，结果url需要一段时间才能加载，我的脚本会抛出一个错误，直到url准备就绪。有没有一种优雅的方式（即tryCatch选项）来处理错误，直到结果返回或在指定时间后超时？ library(rvest) ## Definitive set of blast API instructions ca
    r connection-timeout rvest blast 2017-02-03

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    通过evalue过滤爆炸结果，但仅在唯一的情况下

    我正在使用以下格式生成数百个不同文件的管道（我在字段中写入X，我不在乎）： id1 X X X X X X X X X evalue1 X id2 X X X X X X X X X evalue2 X ... 我要过滤这些文件，对于每一个ID，采取基础上，安勤（越小越好）最好的结果，但如果最好的安勤重复使用相同的ID不计该ID。 作为例子，如果输入文件是： id1 X X X X X
    bash awk blast 2017-04-06

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    本地爆炸长度选项

    我有一个比较大的blastn输出文件。由于没有选项可以指定查询序列的最小核苷酸长度，因此我的想法是在使用awk进行blast运行后搜索它。 文件的一个例子是这样的：用awk > abc Length=4553119 Score = 273 bits (302), Expect = 3e-74 Identities = 151/151 (100%), Gaps = 0/151 (0%) S
    awk blast 2017-05-26

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    在PHP中执行外部BLAST程序

    我想在PHP中执行一个blastx搜索应用程序，而不是Linux控制台文本终端。 实际的命令行参数会（see definition of refer）： ./blastx -query $input -db ${Sbjct}_db -evalue 0.0001 -outfmt 6 -out /path/to/output.tsv 这里是我的PHP部分代码。 exec(' /path/to/b
    php exec bioinformatics centos7 blast 2017-02-17

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    Blast +本地配置：如何配置nt和nr数据库？

    我正在配置Blast +在我的mac上（os sierra）并且在配置我也在本地下载的nr和nt数据库时遇到了问题。我正在尝试关注NCBI的指令here，并且正在执行配置和执行步骤。 他们说改变我的.bash_profile，以便它说： export PATH=$PATH:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/ncbi-blast-2
    command-line path bioinformatics blast ncbi 2017-09-10

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    使用GSON解析长JSON

    我试图解析这样一个很长的JSON。 { "BlastOutput2": [ { "report": { "program": "blastn", "version": "BLASTN 2.6.0+", "reference": "Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
    java json gson blast 2017-06-03

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    我需要帮助完成这个生物信息学程序

    我需要创建一个程序，可以将一些文本文件称为fasta文件并将其转换为sequence_name，Domain_names，Domain of Domain，Domain of Domain。 所以一个FASTA文件只是一个文本文件，它看起来像这样 >MICE_8 ATTCGATCGATCGATTTCGATCGATCGATCGATCGGGATCGATCGATCGATCGATC >MICE_59
    python bioinformatics fasta blast 2017-04-15

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    使用多线程在R中运行shell脚本

    我想用命令system（）在R中运行shell脚本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一个线程，即使我在shell脚本中设置了多个线程。在这种情况下，我应该怎么做才能使用多线程？ 的代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident pp
    r multithreading parallel-processing bioinformatics blast 2017-09-13

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    使用biopython创建没有创建任何文件的文件

    我有一个工作代码，它在ncbi服务器上执行BLAST，然后以xml格式返回序列。它正在工作，但我想避免制作新文件并直接在终端上打印BLAST结果。这是否有一个很好的解决方案呢？我粘贴在我的代码下面，这是工作，但它正在创建一个新的文件。 result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastx", "nr", sequences, entrez_query = organ
    python xml file biopython blast 2017-01-10

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    如何在R中编写csv文件以获取以下数据？

    我想要使用登录号码获取Get taxonomic层次结构。我发现这样做最简单的方法是 library('taxize') for (year in c("AY744148.1","AY656167.1","AY656168.1")){print(paste(year))} classification(genbank2uid(id = year), db = "ncbi") R的给我下面的
    r parsing export-to-csv taxonomy blast 2017-06-22
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