mcmc

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    我正在使用R2jags和CODA为我的MCMC链生成一些诊断统计信息,但我遇到了麻烦。我想运行MCMC如下: modelfit <- jags(data=jags.data, inits=jags.inits, model.params, n.iter = 100000, model.file=jags.model, model.params) 的错误是: Error in v

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    我写了一个PyMC模型拟合3个法线使用数据(类似于一个在this question)。 import numpy as np import pymc as mc import matplotlib.pyplot as plt n = 3 ndata = 500 # simulated data v = np.random.randint(0, n, ndata) data = (

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    我厌倦了使用PyMC重新运行长MCMC链,因此使用链节省功能PyMC带有听起来像一个好主意。我正在使用pickle数据库后端来感受基于磁盘保存的MCMC工作流程,并且我发现如果我尝试从连续两次使用pickle数据库的PyMC MCMC模型中进行抽样,则会调用第二个sample是非常慢。 from pymc import MCMC from pymc.examples import disaste

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    我有一个图像处理问题,我想我可以用它来学习更多关于PyMC3的实验。我花了很多时间摆弄非线性求解器和蛮力方法,至今没有任何东西让我开心。 我遇到的问题涉及到一个复杂的方法,用于共同注册同一场景的两幅图像,但以不同的形式记录。想想试图将常规黑白可见图像与热红外图像进行匹配。或者,从医学成像的角度来看,试图将MRI数据与X射线数据相匹配。 只是为了让事情变得简单,我可以代表我用下面的函数数据处理工作流

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    假设我们在X(例如X〜高斯)和前向运算符y = f(x)之前给出。假设我们进一步通过实验观察到和,并且该实验可以无限重复。输出Y被假定为高斯(Y〜高斯)或无噪声(Y〜Delta(观察))。 如何一致地更新我们关于X知识的主观知识程度?我试着PyMC下面的模型,但似乎我失去了一些东西: from pymc import * xtrue = 2 # this value is unkno

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    我WinBUGS软件代码如下: model { for (i in 1:N){ logit(p[i])<- alpha+ beta*x[i] y[i]~ dbin(p[i], n[i]) } alpha~ dnorm(0,0.000001) beta~ dnorm(0,0.000001) pbeta<-step(beta-0) }

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    来自R调用从C R所以我要运行大型MCMC的哪些是不可行的R.因此我写了在C环和使用.C来自R调用它 然而,在此循环,我偶尔会有采样步骤或建模步骤,在R中有标准包。从头开始用C编码这些东西对我来说会是矫枉过正的。 这就是为什么我想在这里调用R函数。我将在“编写R扩展”中使用“8.1在Unix下嵌入R”。 ,使其成为,R嵌入C,这本身就是从R的.C调用是这种方法确定在 简单而言,还是有一个更优雅的框

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    我正在研究NVIDIA CUDA GPU上的马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)算法实现。 CPU MCMC算法使用高质量的Mersenne捻线机随机数发生器,我想在我编写的GPU内核中使用相同的内容。 我一直在寻找cuRand MT代码示例。不幸的是,我从来没有见过使用梅森扭纹机的内核代码的例子。标准cuRand库文档为MTGP(图形处理器MT)提供了一组功能,但不清楚如何使用它们。 The CUDA

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    我想使用我已经产生关于样品的pymc诊断和汇总函数,而无需使用pymc。举个例子,我想在我自己的样本集上使用pymc的mc_error例程。 一些pymc诊断功能可以采取样本的np.array,但是,如果我理解正确的话,其他人似乎需要一个跟踪对象。我怎样才能将我自己的一组样本转换成pymc可以处理的跟踪对象?我会很感激任何指针。 我的样品目前存储为一个字典,其中每个键是一个变量,我和采样点,采样的

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    首先,让我说我缺乏科学数学或统计方面的经验 - 所以这可能是一个非常着名的问题,但我不知道从哪里开始。 我有一个函数f(x1, x2, ..., xn)我需要猜测x'ses并找到f的最高值。该功能具有以下属性: 总数或参数通常在40-60左右,所以蛮力方法是不可能的。 从0.01每个x范围的可能值至2.99 功能是稳定的,这意味着更高的F值意味着对于参数猜测越好,反之亦然。 到目前为止,我实现了在