mcmc

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我有一个关于Metropolis-Hastings算法的简单问题。假设分布只有一个变量x，x的取值范围是s = [ - 2^31,2^31]。在抽样过程中，我需要提出一个新的x值，然后决定是否接受它。 x_{t+1} =x_t+\epsilon 如果我想自己实现它，如何决定\ epsilon的值。基本的解决方案是从Uniform [-2^31,2^31]中选择一个值并将其设置为\ eps

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都市报斯MCMC有R

我试图实现使用MH简单的MCMC algorith有R的问题是，我得到这个错误（我试图来计算α和它不是一个NA的问题） Error in if (runif(1) <= alpha) { : missing value where TRUE/FALSE needed 这里是我的功能任何人都可以发现问题吗？ PoissonMetropolisHastingRW = function(n=1000

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MCMCglmm中的R

我试图在R.使用MCMCglmm包创建模型多项式模型的数据的结构如下，其中对子，局灶性，其他都是随机效应，predict1-2是预测变量，和响应1-5是结果变量，不同亚型的观察到的行为的捕获＃： dyad focal other r present village resp1 resp2 resp3 resp4 resp5 1 10101 14302 0.5 3 1 0 0 4 0

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PyMC：趁着稀疏模型结构的自适应都市报MCMC

我有一个结构化的，因为这图中的模型：我有几个人（索引1的人口... 5在这幅图片中）。人口参数（A和B，但可以有更多）确定每个人的潜在变量L[i]的分布。潜在变量L[i]以概率方式确定观察X[i]。这个模型是“稀疏”的，因为大多数节点没有边直接连接它们。我想用PyMC来推断人口参数，以及每个人的潜在变量。（一个相关的问题，更详细地描述了我的具体情况，是here。）我的问题是：我是否应该使用A

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PyMC中的顺序更新

我在自学PyMC，但遇到以下问题：我有一个模型，其参数应通过连续测量来确定。在开始时，参数的先验信息是无意义的，但应在每次测量后更新（即由后面代替）。总之，我想用PyMC进行顺序更新。考虑以下（有点构造）例如：测量1：10个问题，9个正确答案测量2：5个问题，3个正确答案当然，这可以使用β/二项式共轭先验分析解决，但这不是这里的点:) 另外，这两种测量可以结合d至n = 15和k = 1

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如何在PyMC中定义一般确定性函数

在我的模型中，我需要使用复杂的python函数从一组父变量中获取我的确定性变量的值。有没有可能这样做？以下是一个python代码，它显示了我正在尝试做的简化情况。 import numpy as np import pymc as pm #Predefine values on two parameter Grid (x,w) for a set of i values (1,2,3)

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Python中使用pymc的内存溢出

以下显然简单的代码用于Python中的MCMC会导致巨大的内存使用（> 15GB），即使我使用pickle后端。每当我在pymc中使用观察变量数组时，都会发生这种情况。任何想法为什么发生这种情况？ import pymc as pymc import numpy as np N = 17 numC = 5 A = np.zeros([N,N]) A[0:numC, :] = 1 A

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使用MCMC方法估计头部的概率

我想了解贝叶斯参数估计，并通过here（教程1 & 2）找到了一些非常好的教程。为了测试我的理解，我试图实现MCMC方法来根据给定数据集来估计获取头部的概率。输入数据集有8个头和2个尾。假设前面的Beta（2,2），获得头的分析概率=（8 + 2）/（10 + 2 + 2）= 0.71。然而，当我尝试使用大都会黑斯廷斯算法时，我得到了非常不同的答案。任何人都可以签我的实现在这里解释什么，我缺少的

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如何使用MCMCpack获得差异的后验？

我试图让使用两个转换率之间的差异MCMCpack一个后验分布，如同对A和B段的this PyMC tutorial. 我可以得到两个采样速率的后验就好了，但我正在努力如何实施采样三角洲..任何想法？编辑真正的增量（这将是未知的，如果我们没有制造的数据，这也是我们想用MCMC估计）是两种税率true_p_a和true_p_b即0.01之间的差异。 # define true success rat

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带收敛测试的并行RJAGS

我正在使用RJAGS修改现有模型。我想平行运行链，偶尔检查Gelman-Rubin收敛诊断，看看是否需要继续跑步。问题是，如果需要根据诊断值继续运行，则重新编译的链将从第一个初始化的先前值重新启动，而不是在链停止的参数空间中的位置。如果我不重新编译模型，RJAGS抱怨。有没有办法在停车时存储链条的位置，以便我可以从停止的位置重新初始化？这里我将举一个非常简单的例子。 example1.bug： m