mcmc

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我还没有被使用PyMC时间不长，但我很高兴在我的速度有多快能够功成线性回归（此代码应该没有IPython的修改即可运行）： import pandas as pd from numpy import * import pymc data=pd.DataFrame(rand(40)) predictors=pd.DataFrame(rand(40,5)) sigma = pymc.Uni

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R代码mcmcplots函数

有没有办法使R mcmcplot()函数在被调用时不能打开浏览器？我需要在集群上运行我的R代码，并且如果mcmcplot()试图打开浏览器，它会呕吐。输出可以转储到文件吗？

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优化简单Common Lisp gibbs采样器程序

作为练习，我重写了Darren Wilkinson在博客文章Gibbs sampler in various languages (revisited)中的示例程序。代码如下所示。此代码我（5岁）的机器上运行，在大约53秒，使用SBCL 1.0.56，使用BUILDAPP创建核心图像，然后用 time ./gibbs > gibbs.dat 运行它，因为这是计时是如何计算出来的在帖子中的其他

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当指定刻录和间拔时，JAGS/BUGS会保存多少次迭代？

我有一个关于在JAGS和BUGS中运行模型的细节的快速问题。说我用n.burnin=5000，n.iter=5000和thin=2运行模型。这是否意味着程序将：运行5000次迭代，并放弃结果;然后运行另一个10,000次迭代，只保留每秒的结果？如果我将这些模拟保存为CODA对象，那么所有的对象都保存了10,000次，或者只有稀疏的5000次？我只是想了解使用哪组迭代来制作ACF图？

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Metropolis-Hastings算法，在Matlab中使用除高斯以外的建议分布

我目前正在研究数学学位的最后一年项目，它基于概述了Metropolis-Hastings算法和一些数值示例。到目前为止，通过使用我的提议分布作为高斯分布，并从其他几个分布中抽样，我得到了一些很好的结果，但是我试图通过使用不同的提议分布进一步。到目前为止，我已经有了这段代码（我正在使用Matlab），但是由于网上有限的资源使用不同的提议，很难判断我是否接近，因为在现实中我不太确定如何尝试这，（特

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Matlab（相对于C/FORTRAN）是21世纪专业数学研究人员的可敬语言吗？

我是一个很难用matlab的人，主要是因为这是我第一次学到的东西，而且我没有遇到足够大的差异来切换的问题。我来自数值优化/线性代数，其中我已经执行了数百万个自由度的优化和特征值计算。最近，我进入了随机性领域，在那里我最初的印象是我将被迫改变。但是，在优化代码之后，仔细地将种子初始化为随机数生成器后，我能够在大致相同时间内完成与我同时代人相同的蒙特卡罗任务。我的理解是基本级的if语句等在matlab

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使用PyMC执行双重整合

我需要使用MCMC method执行双重整合。我已经使用romberg和doublequad集成完成了正确的结果。我还需要使用MCMC集成来比较结果。我发现很难理解PyMC。大纲是这样的：我有一些时间序列数据，我需要找出哪些分布适合它。我有一套方程式，告诉我该做什么，涉及双重集成。希望得到一些指导。

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如何在JAGS中定义自定义分布？

我正在使用JAGS来模拟一些MCMC分布。我看到了对大量发行版的支持。但是，我想从JAGS中没有定义的特定分布中抽取样本。有谁知道如何编写我们自己的自定义分配？谢谢！

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在OpenMP中为'循环效率'排序

我试图并行化一个单一的MCMC链，这个链在本质上是顺序的，因此我需要保留正在执行的迭代顺序。为此，我想通过OpenMP使用'ordered for'循环。我想知道如何在OpenMP中执行一个有序的for循环真的起作用，它真的提供了代码并行化方面的加速吗？谢谢！

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错误使用来自R

代码WinBUGS软件是以下几点： require(BRugs) require(R2WinBUGS) model<-function(){ for(i in 1:N){ y[i] ~ dnorm(x[i], sigma.y) } x[1] ~ dnorm(theta[1], sigma.y) theta[1] <- 0 for(j