blast

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是否有人知道BLAST对齐的纯Python实现？我想学习这种算法...

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我有兴趣证明某些机器人控制器没有达到任何故障状态，我将通过一组谓词来定义它。我知道有开源软件工具可以实现这一点。例如，我听说BLAST（伯克利懒惰抽象软件验证工具），但是你是否知道任何其他可能更容易使用和/或更具针对性的特定应用程序？您是否曾经在您的项目中使用过BLAST或其他此类工具？您认为这些好处大于部署此类工具所需的努力吗？

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运行BLAST与BioPython

查询我想 BLAST几个序列检索每个查询池前100命中左右的下载序列删除重复我如何在BioPython中做到这一点？

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不同的爆破工具

我目前正在寻找商业与非商业爆破工具。我已经多次使用NCBI blast来进行当地的blast搜索，但现在我正在寻找有趣的替代方案。在我的搜索过程中，我发现了一些有趣的结果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。任何人都可以使用这些工具？或者有没有类似BlastStation2的工具，我错过了？我错过了任何重

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通过XGrid运行BLAST

有没有人有使用XGrid运行BLAST的经验？谷歌搜索显示一个名为'Xgrid BLAST'的工具存在，但没有获得。

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iPhone编程：如何使用URL的API（例如BLAST）

我是iPhone编程的新手，希望能够从iPhone使用BLAST（生物信息学服务器）URL的API。我想编写一个非常简单的应用程序来查询BLAST服务器并进行一些查询。我发现了以下内容我在BLAST上发现了以下文档（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.pdf）。我不知道从哪里开始..我检查了以下有关Mac OS X和iOS的安全概念（htt

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获得BLAST结果的前10位序列生物Python

我想要得到前10位的BLAST结果序列（只是序列，没有比对或得分或e值等）。我正在输入一个包含5个fasta文件的文本文件。所以我的输出应该是每个fasta文件的前10个blast blast。因此，我的输出文件将有50个序列。我读我的每个输入FASTA的文件通过Bio.SeqIO，写它作为temp.faa，然后把它传递给通过子作为 blastp -db nr -query temp.faa -

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获得BLASTN数据库编程

在Nucleotide BLAST search page 是有办法获得编程中的“选择搜索设置”中列出的数据库？也许是XML格式？（没关系使用的编程语言）在此先感谢