运行BLAST与BioPython

2009-11-03 107 views 0 likes

查询我想运行BLAST与BioPython

BLAST几个序列
检索每个查询
池前100命中左右的下载序列
删除重复

我如何在BioPython中做到这一点？

来源

2009-11-03 Jon

回答

当然可以 - the tutorial解释如何在本地运行BLAST和NCBI以及如何解析结果。我将离开实际的实施作为一个练习给你！

来源

2009-11-03 22:27:14

好谢谢。你也知道为什么我不能从python2.6的Bio中导入python2.5吗？ – Jon 2009-11-03 22:40:30

为什么你不打开另一个问题呢？ p.s.如果你认为这是正确的，你应该接受大卫的答案。 – dalloliogm 2010-01-26 12:51:13

from Bio.Blast import NCBIWWW 
    fasta_string = open("myfasta").read() 
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) 
    print result_handle.read()

以上myfasta是设置了互联网BLAST您的自定义序列文件

您可以result_handle使用NCBIXML后发挥你希望（即获得前100名，删除重复）

来源

2015-06-06 07:29:23

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