不同的爆破工具

Question

我目前正在寻找商业与非商业爆破工具。我已经多次使用NCBI blast来进行当地的blast搜索，但现在我正在寻找有趣的替代方案。在我的搜索过程中，我发现了一些有趣的结果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。任何人都可以使用这些工具？或者有没有类似BlastStation2的工具，我错过了？我错过了任何重要的商业或非商业爆破工具？

我真的很感谢你的帮助。

感谢，

Beeth

Answer 1

你可能想看看http://www.sequenceserver.com 它是开源的。它使得您可以快速设置一个本地BLAST服务器，从而获得Web界面。 （意思是你也可以与同事分享）。

声明：我是开发人员之一。

干杯，

雅尼克

Answer 2

你也应该看看的FASTA程序，它提供了相同的比较函数，等等。 FASTA程序可以生成BLAST输出，因此分析管道需要最少的修改。

http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta