blast

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我有这个下面的XML文件。我想从文件获得第一Hsp_qseq，Hsp_hseq和Hsp_midline值下标签HSP在VB.NET out.xml <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd"> <BlastOutput>

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blast给定GI NCBI核苷酸数据库

我有本地数据库驱动的网站，其中包含几个序列，通过它们的GI号码进行唯一标识。直接给予地理标志，可以链接到'NCBI爆炸网站'吗？例如，对于GI 903049序列有此链接： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049 它链接到这个爆炸页： http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PRO

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使用SimpleXML解释BLAST XML输出 - 连字符问题？嵌套对象访问语法问题？

我想使用SimpleXML来读取一些NCBI BLAST XML输出，并且我能够访问某些输出，但不能访问其他位。这里是XML的相关部分（切除的可读性一些无关段）： <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd"> <BlastOutp

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从blastx输出文件中提取特定条目，写入新文件

我已经创建了一个脚本，该脚本可成功搜索XML格式的Blastx输出文件中的关键字（由用户指定）。现在，我需要将包含对齐标题中关键字的记录（查询，命中，分数，evalue等）写入新文件。我已经为每个查询标题，命中标题，e值和对齐长度创建了单独的列表，但似乎无法将它们写入新文件。问题1：如果Python错误和其中一个列表缺少一个值会怎么样...？然后，所有其他列表将提供有关查询的错误信息（“行滑移

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如何从BLAST输出中获取未经过处理的序列？

我有兴趣从FASTTA格式的BLAST输出中获取未去除的序列。我以为我可以使用hsps_no_gap但它不起作用。有什么方法可以用来完成这个任务吗？

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Biopython本地BLAST数据库错误

我试图用Biopython的NcbiblastxCommandline工具中的“nr”数据库中本地运行的blastx，但我总能得到关于蛋白质数据库搜索路径以下错误： >>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline >>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.

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你可以使用blastn来检查完全匹配吗？

我需要知道哪些主题的查询已经匹配，哪里匹配，并且这场比赛必须是100％。有没有办法使用blastall来做到这一点？谢谢。

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BLAST数据库分配错误

我在stackexchange的生物信息学版本问了这个问题，但由于我认为这是一个计算机问题，我以为我应该在这里尝试我的运气。当一个大的数据库（所有人类蛋白）我收到以下错误上运行的本地BLAST（v2.2.24 +）：在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader

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我可以使用BLAST比较2个非生物字符串吗？

我知道什么BLAST（基本本地对齐搜索工具）的设计。但我有兴趣使用这种高级文本比较及其最终效果。

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在Perl中加载大文件到哈希（BLAST表格）

我是一个perl初学者，请帮我解决我的问题...我试图从一个blast表中提取信息（它看起来像一个片段下面是）：这是一个标准的爆炸表输入...我基本上想要提取读取列表上的任何信息（请看下面的第二个脚本，以了解我想要做什么）....总之这正是我在第二个脚本已经完成：输入： 1）爆炸表： 38.1 0.53 59544 GH8NFLV01A02ED GH8NFLV01A02ED rank=0113