qsub

1热度

1回答

我试图让下面的perl脚本工作。首先，读取fastq文件，然后使用该文件通过多个程序进行分析。代码： use warnings; use PBS::Client; $directory = $ARGV[0]; opendir(DIR, $directory); @files=(); while ($file = readdir(DIR)) { push(@files

3热度

2回答

在通过qsub从Python提交的集群上运行作业。是否有意义？

我有我在Python中进行一些计算的情况，根据结果我有一个目标文件列表，这些目标文件是要传递给第二个程序的候选文件。例如，我有50,000个文件，每个文件包含2000个项目。我想筛选某些项目并调用命令行程序对其中的一些进行计算。本程序＃2可以通过shell命令行使用，但也需要很长的一组参数。由于性能原因，我将不得不在群集上运行程序＃2。现在，我正在运行程序＃2通过 'subprocess.c

0热度

1回答

SGE qsub使用bach定义变量？

我想为SGE系统自动设置几个变量，但没有运气。 #!/bin/bash myname="test" totaltask=10 #$ -N $myname #$ -cwd #$ -t 1-$totaltask 显然$ myname不会被识别。任何解决方案非常感谢

0热度

1回答

如何创建一个作业脚本来自动执行此操作？

现在我做一个集群上执行以下操作：（ⅰ）的qsub-X -I -l walltime = 60：00：00，节点= 1：PPN = 8 （ⅱ）提交myjob（使用./myjob），它具有以下内容 #!/bin/bash i=1 nohup ./a.out $i 2 42 & nohup ./a.out $i 43 60 & nohup ./a.out $i 61 74 & nohup .

0热度

1回答

linux：提交给sge的作业卡在'dt'状态

我尝试通过qsub向sqe添加作业。但它似乎被卡住了。状态显示为'dt'。什么可能是错的？由于这一点，我无法添加任何更多的作业。我如何从队列中删除作业？

2热度

1回答

如何检查qsub作业的命运

我已经在扭矩集群上运行qsub作业（.jar文件），并看到它完成。然而，产出并不是预期的。我如何查看此.jar文件引发的任何错误消息（我会通过终端在本地看到它们 - 我想看到这种类型的消息来诊断问题）。错误消息，如RuntimeException或特定的System.out.println或System.out.err

1热度

1回答

别名在qsub后不起作用

我在我的home文件夹下安装了R，并且我想在将作业提交给群集时调用新的R。群集节点都安装了CentOS。下面是我在.bash_profile文件和.bashrc中所做的配置： if [ `lsb_release -i|cut -c17-20` == 'Cent' ] ; then alias R='/home/XXX/R-3.0.2/bin/R' alias Rscript=

1热度

1回答

运行并行作业

我正在研究由464 HP刀片系统，两个头节点和虚拟化的登录（提交）节点池组成的titan群集。每个节点有八个内核（两个四核处理器），并且16GB（430个节点）或32GB（34个节点）内存。此provices 3712个计算核心和8 TB总RAM的（存储器）的任务是使用2份即R1，R2每个样品file.So每个样品文件具有存在于对R1，R2类型它们将成为一起用来创建一个.sam文件，引用是hum

1热度

2回答

qsub作业链

我有一个python脚本，它对输入文件执行一些操作，然后使用qsub提交一个新作业。只要这个新提交的作业完成，我想再次运行python脚本。所以基本上，这个python脚本的运行必须与前一个作业（python脚本本身提交的作业）的运行相关联。用代码术语总结。我去到父目录，键入： ./python_script.py 的Python脚本的结构类似如下（这是很多，很多复杂的现实中）： def

4热度

3回答

如何使用qdel全部删除空闲作业

我遇到了一个问题，如果我有2000个作业排队并尝试使用qdel all删除它，它会继续尝试首先删除正在运行的作业。这意味着我必须等待很长时间才能删除作业，因为从Running列表中删除的列表比Idle列表慢。因此，如何删除所有Idle作业而无需触摸Running作业？