qsub

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如何调用python脚本以从pbs作业运行？更多的细节：我目前有以下形状的PBS文件的工作（这部分完美的作品，不应该被改变）： #!/bin/bash #PBS -N # work name #PBS -q #PBS -l #PBS -S /bin/bash #PBS -m ##PBS -M #my email cd $PBS_O_WORKDIR 我有那么上面的计算中完成一个

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qsub使用GNU并行运行的作业

我尝试使用GNU并行执行多节点（2）和20的PPN中的qsub作业，但它显示出一些错误。 #!/bin/bash #PBS -l nodes=2:ppn=20 #PBS -l walltime=02:00:00 #PBS -N down cd $PBS_O_WORKDIR module load gnu-parallel for cdr in /scratch/data/v/mt/

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链接阵列PBS作业

我试图使用PBS高性能计算机作业调度器来链接两个计算作业。我的脚本如下：调用的脚本1.pbs： #!/bin/bash #PBS -N 1 #PBS -q thin #PBS -l walltime=0:03:00 #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -j oe #PBS -J 1-10 cd $PBS_O_WORKDIR echo 'SCRIPT 1'

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SGE作业3小时后终止

我习惯了扭矩，所以我希望有些Sun SGE大师能够提供帮助。我无法弄清楚为什么我的工作正在终止，接近3小时。这些工作正在被提交给一个空的队列，而没有与ROCKS 6.2的新安装竞争。短于3小时的工作没有任何问题。这里的服务器配置（我认为） [[email protected]]$ qconf -ssconf algorithm default schedule_interval

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为什么Torque qsub不会创建输出文件？

我集群试图启动任务通过扭矩PBS与命令 qsub -o a.txt a.sh 文件a.sh包含一个字符串： hostname 命令的qsub后，我做qstat命令的，这给接下来的输出： Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- ---------------

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如何使用qsub在HPC上使用本地R安装

我使用的集群不可能全局安装特定的R版本。鉴于我建了一个特定版本的R上的文件夹： <generic_path>/R/R-X.Y.Z ，我在本地安装一些软件包： <generic_path/R/packages 如何设置，在shell脚本（bash）的，环境变量和别名来运行这个特定的R版本，从本地软件包目录加载软件包？

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使用qsub在另一个bash脚本中调用bash脚本

我想在使用qsub的另一个bash脚本中运行bash脚本（因为我需要在集群上运行实际问题）。下面是这个问题的演示。我有两个脚本如下：脚本1： #!/bin/bash -f sh ./script2.sh 脚本2： #!/bin/bash echo "It works fine!" 现在，如果我把这两个脚本文件夹中，并使用命令sh script1.sh，它会正常工作。但是，如果使用q

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检查来自qsub的输出：Sungrid群集

有办法检查提交的作业的输出。输出文件的写入延迟很大，所以我希望能够看到它们是否有任何问题。我看到PBS有选项-k oe直接将qsub输出写入主目录中的文件，但找不到类似的解决方案。

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确定有多少节点分配给qsub系统中的用户

有没有办法查看有多少节点分配给qsub系统中的用户（我）？另外，如何查看进程正在使用的节点/内核数量？

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作业崩溃后复制输出

我有一个模拟群集运行。我提交作业用qsub脚本，看起来像 #PBS directives #function to copy data copy_data() ... stuff ... ./my_simulation copy_data 但是，如果模拟崩溃的输出是不可复制回来。我如何处理可执行文件中的错误？总的来说，我如何强制这项工作来复制数据？