如何使用qsub在HPC上使用本地R安装

Question

我使用的集群不可能全局安装特定的R版本。鉴于我建了一个特定版本的R上的文件夹：

<generic_path>/R/R-X.Y.Z 

，我在本地安装一些软件包：

<generic_path/R/packages 

如何设置，在shell脚本（bash）的，环境变量和别名来运行这个特定的R版本，从本地软件包目录加载软件包？

Answer 1

选项1： 使用对HPC（在我的情况下的qsub脚本）一个外壳脚本，这是可能的通过运行一个外壳脚本（例如在bash），其包含以下行：

alias R="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin/R" 
export R_LIBS="<path_to_R>/R/packages" 
export PATH="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin:${PATH}" 

脚本（这里我把它命名为makeenv.sh）可以使用qsub脚本中与运行：

source makeenv.sh 

选项2：根据您的HPC系统上，你可能公顷已经module avail，module load命令，如果是的话，然后使用：

myBsubFile.sh

#!/bin/bash 
# some #BSUB headers... 
# ...  

module load /R/R-X.Y.Z 
Rscript myRcode.R 

然后在R脚本加载库为：

myRcode.R

library("data.table", lib.loc = "path/to/my/libs") 
# some more R code...