sungridengine

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我正在使用Matlab在使用Sun Grid Engine的群集上执行某些图像处理。在我的个人笔记本电脑上，代码运行良好，但是当我在群集上运行它时，出现了几个无法找到的文件错误。例如，存在一个.nii（nifti）文件（我可以在shell中以交互方式运行matlab时读取它）。从输出日志摘录： {^HError using load_nii_ext (line 97) Cannot find f

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Sun GridEngine作业阵列随机读取文件失败

我使用SGE任务数组功能来完成我的工作：首先读取一个原型，然后读取不同的数据进行计算。但是，有时读取原型时，作业会失败。该错误表明原型不存在或不完整。但我确定原型文件存在并且已完成 qsub -q HTS_QUEUE -R y -r y -S /usr/bin/perl -cwd -t 1-$nphonemes Training.pl ./Config/Config.pm.2 以上是我的命令。

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SGE只能在一个节点

我所建造的SGE在源代码中的四个节点的集群中运行一个任务。 Centos7中的操作系统。当我在集群中提交一些简单的任务时，我发现只有一个任务在一个节点上运行。有什么问题？这是我的任务代码： sleep 60 echo "done" ，这是我的CMD提交任务： DIR=`pwd` option="" for((i=0;i<5;i++));do qsub -q multislots

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导入熊猫禁用图形

我正在使用Sun Grid Engine运行分析。然而，在我的代码导入大熊猫，这将导致该错误得到提升： import pandas as pd ：无法连接到X服务器：3026.0 我已经从收集一些谷歌搜索和我的系统管理员的对话是pandas正在尝试加载图形，而SGE不允许这样做。我不想用pandas做任何绘图。我只想使用它的DataFrame功能。有没有办法加载pandas图形被禁用，所以

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检查来自qsub的输出：Sungrid群集

有办法检查提交的作业的输出。输出文件的写入延迟很大，所以我希望能够看到它们是否有任何问题。我看到PBS有选项-k oe直接将qsub输出写入主目录中的文件，但找不到类似的解决方案。

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Sun Grid Engine上的同时启动-hold_jid作业

如何开始一堆使用-hold_jid选项的SGE（Sun Grid Engine）作业，但不需要巧妙排序qsub提交的顺序。如果我做到这一点寄托都很好，其中JOB2等待JOB1结束： qsub job1.sh qsub -hold_jid job1.sh job2.sh # OK: job2 waits for job1 但是，如果我不是以不同的顺序如下图所示提交，作业2错误启

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使用qsub请求尚未在SGE中分配的内存

我在使用Starcluster设置的AWS EC2上拥有Sun Grid Engine集群。每个节点有4个处理器和16G RAM。我想提交一个任务数组，每次使用一个完整的节点（全部4个处理器和16G RAM）分派2个作业。但是，我不想创建一个像-pe smp 4这样的标志的并行环境，因为这是经验性的，会大大降低性能。是否有一个qsub标志表示类似于“将作业提交给具有未分配给任何其他作业的16G内存

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qsub正在csh中执行我的bash脚本尽管shebang

我想向我的大学的Sungrid计算集群提交一个bash脚本来在循环中运行可执行文件。当我登录到服务器，我在bash： $ echo $SHELL /bin/bash 我包括在脚本的顶部，一个bash家当，我传递给的qsub： $ cat shell_sub #!/bin/bash #$ -N bSS_s13 #$ -o logs/bSS_s13.log #$ -j y #$ -cw

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如何在cronjob中设置SGE的PATH

我的qsub驻留在SGE中。所以，当通过cronjob运行sh脚本时，我收到错误：找不到qsub：命令。当前设置的路径为： PATH =/usr/bin：/ bin

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SGE作业3小时后终止

我习惯了扭矩，所以我希望有些Sun SGE大师能够提供帮助。我无法弄清楚为什么我的工作正在终止，接近3小时。这些工作正在被提交给一个空的队列，而没有与ROCKS 6.2的新安装竞争。短于3小时的工作没有任何问题。这里的服务器配置（我认为） [[email protected]]$ qconf -ssconf algorithm default schedule_interval