qsub正在csh中执行我的bash脚本尽管shebang

我想向我的大学的Sungrid计算集群提交一个bash脚本来在循环中运行可执行文件。当我登录到服务器，我在bash：qsub正在csh中执行我的bash脚本尽管shebang

$ echo $SHELL 
/bin/bash

我包括在脚本的顶部，一个bash家当，我传递给的qsub：

$ cat shell_sub 
#!/bin/bash 
#$ -N bSS_s13 
#$ -o logs/bSS_s13.log 
#$ -j y 
#$ -cwd 

echo $SHELL > shell.txt

但是，当我提交上面的脚本：

qsub shell_sub

相反，它执行CSH：

$ cat shell.txt 
/bin/csh

如何强制qsub使用bash而不是csh来执行脚本？

您在群集上获得的shell类型是什么？（echo $ SHELL） –

@Finch_Powers它说'csh' ...所以我的整个职位是一个XY问题。我将编辑以关注实际问题。 – ApproachingDarknessFish

尝试明确执行bash：bash -c“echo $ SHELL” – Steve

您可以使用-S来设置提交作业的外壳（至少在扭矩中）。

例如：qsub shell_sub -S /bin/bash

2017-03-14 22:23:02 dbeer

最有可能你的队列被配置有作为shell_start_modeposix_compliant和所定义的shell被列为/bin/csh（这是默认值）。检查此：

$ qconf -sq <name-of-queue> | grep shell 
shell     /bin/bash 
shell_start_mode  unix_behavior

如果你不知道你的队列的名称，它可能是all.q。

如果shell_start_mode是posix_compliant，那么家当行被忽略并且作业（如果它不是二进制提交：-b y）开始由shell设置所定义的壳。
- 为什么？从man page：“POSIX不认为第一个脚本行注释如'＃！/ bin/csh'是重要的。因此批量排队系统（P1003.2d）的POSIX标准需要一个兼容的排队系统来忽略这些行，但改为使用用户指定或配置的默认命令解释器。“
如果shell_start_mode是unix_behavior，那么家当线被用来确定作业的shell。

您可以要求您的管理员考虑更改队列设置。

2017-03-15 20:00:35 kgutwin

输出是'shell/bin/csh shell_start_mode posix_compliant'，所以你已经解决了为什么这种情况正在发生的奥秘。谢谢！ – ApproachingDarknessFish

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