我想使用颜色为绿色，黑色和红色的pheatmap制作R中的热图，并使用范围从-2到2的图例，这里是码，我用：对于低于和高于阈值的值，使用自定义色标的热图贴图

library(pheatmap) 
my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 201) 
colors = c(seq(as.numeric(-2),-0.01,length=100), 0, 
seq(0.01,as.numeric(2),length=100)) 

pheatmap(mFilt_annot_sort_matrix, color = my_palette, breaks = colors, scale = 
"none", cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

的问题是，我想的值小于绿色-2红色比2的更大，而我的解决方案，这些价值观是白色的，你能帮帮我吗？

来源

2017-06-06 user40267

如果您使用'dput（df）'提供样本数据集，我可以为此绘制图表。看看[如何在R中创建一个很好的重现示例]（https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example）。 – Masoud

如果有人遇到了稍微不同的需求，可以参考下面的问题：[Pheatmap Color for Specific Value]（https://stackoverflow.com/questions/41783245/pheatmap-color-for-specific-value）。 – Masoud

您需要将断点设置为-2和+2并在两者之间建立梯度。您还需要将颜色设置为小于最小值和大于最大所需值。往下看;

library(pheatmap) 

colors <- c(min(mFilt_annot_sort_matrix),seq(-2,2,by=0.01),max(mFilt_annot_sort_matrix)) 

my_palette <- c("green",colorRampPalette(colors = c("green", "black", "red")) 
                (n = length(colors)-3), "red") 


pheatmap(mFilt_annot_sort_matrix, color = my_palette, breaks = colors, scale = 
"none", cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

使用正常数据的示例;

使用rnorm.within功能我提出以下数据集：

#V1 is random between -4 and 4 
#V2 is less than -2 
#V3 is greater than 2 

df <- data.frame(cbind(rnorm.within(1000, -4, 4) 
,rnorm.within(1000,-4,-3), rnorm.within(1000,3,4)))

和应用以上（同断裂和调色板）的程序制作热图将得到：

pheatmap(df, color = my_palette, breaks = colors, scale = 
        "none", cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

来源

2017-06-06 19:57:59 Masoud

对于低于和高于阈值的值，使用自定义色标的热图贴图

回答

使用正常数据的示例;

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