如何将稀疏矩阵转换为索引矩阵和非零元素的值

Question

我们可以使用sparseMatrix或spMatrix从索引和非零元素的值构造稀疏矩阵。是否有任何函数将稀疏矩阵转换回所有非零元素的索引和值？例如

i <- c(1,3,5); j <- c(1,3,4); x <- 1:3 
A <- sparseMatrix(i, j, x = x) 

B <- sparseToVector(A) 
## test case: 
identical(B,cbind(i,j,x)) 

有没有什么功能可以做类似sparseToVector的工作吗？

Answer 1

summary(A) 
# 5 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 3 entries 
# i j x 
# 1 1 1 1 
# 2 3 3 2 
# 3 5 4 3 

这你可以很容易地传递给as.data.frame或as.matrix：

---

sparseToVector <- function(x)as.matrix(summary(x)) 
B <- sparseToVector(A) 
## test case: 
identical(B,cbind(i,j,x)) 
# [1] TRUE 

Answer 2

使用which与arr.ind：

idx <- which(A != 0, arr.ind=TRUE) 
cbind(idx, A[idx]) 
#  [,1] [,2] [,3] 
# [1,] 1 1 1 
# [2,] 3 3 2 
# [3,] 5 4 3 

Answer 3

你的矩阵A是在稀疏的压缩格式（类dgCMatrix）。您可以通过

A.nc <- as (A, "dgTMatrix") 

或者强制其非压缩格式的稀疏，你可以在电话sparseMatrix指定giveCsparse = TRUE。

的dgTMatrix的三重形式基本上包含了所有你在插槽i，j寻找，并x，只是i和j索引与基于0的偏移进行：

> str (A.nc) 
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots 
    ..@ i  : int [1:3] 0 2 4 
    ..@ j  : int [1:3] 0 2 3 
    ..@ Dim  : int [1:2] 5 4 
    ..@ Dimnames:List of 2 
    .. ..$ : NULL 
    .. ..$ : NULL 
    ..@ x  : num [1:3] 1 2 3 
    ..@ factors : list() 

> cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x) 
    i j x 
[1,] 1 1 1 
[2,] 3 3 2 
[3,] 5 4 3 
> all (cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x) == cbind (i, j, x)) 
[1] TRUE