pymc3

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    我正在做一些pymc3,我想创建自定义的随机指标,但似乎并没有很多关于如何完成的文档。我知道如何使用as_op way,但显然这使得不可能使用NUTS采样器,在这种情况下,我没有看到pymc3相对于pymc的优势。 该教程提到可以通过从theano.Op继承来完成。但任何人都可以告诉我如何工作(我仍然开始对theano)?我有两个我想定义的随机指标。 第一个应该更容易,它是具有唯一不变的父变量的N

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    如何使用DensityDist为pymc3创建SkewNormal发行版?有几个链接到github页面的解释如何创建自定义的随机周围浮动。 exp在theano中实现,但我不认为正常累积分布函数或erf函数是。 我相信我不能只是使用类似: F = DensityDist('F', lambda value: pymc.skew_normal_like(value, um, std, a), sha

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    我对pymc3完全陌生,所以请原谅这可能是微不足道的事实。我有一个非常简单的模型,可以预测二元响应函数。该模型几乎是这个例子的逐字拷贝:https://github.com/pymc-devs/pymc3/blob/master/pymc3/examples/gelman_bioassay.py 我找回模型参数(alpha,beta和theta),但我似乎无法弄清楚如何计算模型的预测与输入数据。我

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    在Theano中,可以选择使用重复函数T.repeat(A,B)并提供一对向量,使得A[i]的每个元素重复B[i]次。 不幸的是,这个操作没有定义的渐变(它引发了一个未实现的异常),这是一个问题,因为我试图在Pymc3的基于渐变的采样器中使用它。 我想我可以在此使用scan函数和调用重复递归两个向量中的每个元素地址,但我的代码不能正常工作,可能是因为我打电话scan不正确。任何人都可以帮助我理解为

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    我试图实施逻辑多项式回归(AKA softmax回归)。在此示例中,我尝试对虹膜数据集进行分类 我在指定模型时遇到问题,我收到find_MAP()的优化错误。如果我避免使用find_MAP(),如果我使用Categorical表示可能性,或者如果我使用Mutinomial(n=1, p=p),则与后者完全相同,则得到所有零向量的“样本”。 import pymc3 as pm import nu

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    我无法找到这样的例子两个人的结合,或者我没有看到类似我的问题: 我试着多态分布,看起来就好像它是模型由两个卡方分布的总和定义(尽管可以采用任何分布组合)。 现在我不知道如何“嫁”的分布。我期待这样的事情,但它不会以这种方式工作: 从pymc3进口型号,HalfNormal,find_MAP,样品,traceplot,ChiSquared,确定性 basic_model =模型() with bas

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    假设我有来自同一薄荷的10个硬币,每次翻转它们50次,现在我想估计薄荷的偏差以及所有硬币的个体偏差。 我想这样做的方法是这样的: # Generate a list of 10 arrays with 50 flips in each test = [bernoulli.rvs(0.5, size=50) for x in range(10)] with pm.Model() as test

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    我正在使用pymc3来寻找最适合3D表面。这是我正在使用的代码。 with Model() as model: # specify glm and pass in data. The resulting linear model, its likelihood and # and all its parameters are automatica

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    我想建立使用基于该视频数据和模型pymc3一个模型的Emax .. (约40分钟中) https://www.youtube.com/watch?v=U9Nf-ZYHRQA&feature=youtu.be&list=PLvLDbH2lpyXNGV8mpBdF7EFK9LQJzGL-Y 这里是显示屏幕截图模型... 我的代码是在这里... pkpd_model = Model() with p

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    我感兴趣的是计算贝叶斯因子来比较PyMC 3中的两个模型。根据this website,在PyMC 2中,该过程看起来相对简单:包括伯努利随机变量和自定义似然函数,当伯努利变量的值为0时的第一个模型的可能性以及当值为1时的第二个模型的可能性。然而,在PyMC 3中,情况变得更加复杂,因为随机节点需要是Theano变量。 我的两个似然函数是二项式,所以我想我需要重新写这个类: class Binom