从距离矩阵中绘制图形或网络？

我想绘制/草图（matplotlib或其他python库）一个大距离矩阵的二维网络，其中距离将是草绘网络的边缘以及线和列的节点。从距离矩阵中绘制图形或网络？

DistMatrix = 
[  'a', 'b',  'c', 'd'], 
['a', 0,  0.3, 0.4, 0.7], 
['b', 0.3, 0,  0.9, 0.2], 
['c', 0.4, 0.9, 0,  0.1], 
['d', 0.7, 0.2, 0.1, 0] ]

我是从搜索勾画/情节二维网络，例如（更大：列和行的千）距离矩阵：节点“A”连接由0.3的边缘深度到节点“B”，节点'c'和'd'将被边缘深度为0.1。我可以使用哪些工具/库（距离矩阵可以转换成numpy矩阵）以获得这种网络的草图/图形投影？（熊猫，matplotlib，igraph，...？）和一些导致做到这一点（我不会定义自己的Tkinter函数来做到这一点;-)）？感谢您收到的答案。

来源

2012-11-22 sol

在理论上，这可能是不可能的一定的距离矩阵。想象一下，例如一个包含所有条目的4×4距离矩阵1.这定义了一个三维单形。没有办法将这个图嵌入到两个维度中。该计划在这种情况下应该做什么？ – Turion

正确，所以没有“边缘长度”，但“边缘深度，链接两个节点 – sol

的graphviz程序neato试图尊重边缘长度。 doug shows a way使用networkx这样来利用neato：

import networkx as nx 
import numpy as np 
import string 

dt = [('len', float)] 
A = np.array([(0, 0.3, 0.4, 0.7), 
       (0.3, 0, 0.9, 0.2), 
       (0.4, 0.9, 0, 0.1), 
       (0.7, 0.2, 0.1, 0) 
       ])*10 
A = A.view(dt) 

G = nx.from_numpy_matrix(A) 
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(len(G.nodes())),string.ascii_uppercase)))  

G = nx.drawing.nx_agraph.to_agraph(G) 

G.node_attr.update(color="red", style="filled") 
G.edge_attr.update(color="blue", width="2.0") 

G.draw('/tmp/out.png', format='png', prog='neato')

产生

enter image description here

来源

2012-11-22 14:05:51 unutbu

我试过你建议的代码，适应我的需要（删除A.view），它甚至没有工作，即使只有7个节点。是正确的。什么可能出错？我正在使用graphviz 2.36。 – Picarus

这种情况下，我错误''模块'对象没有属性'to_agraph''。要解决我使用http://stackoverflow.com/questions/35279733/what -could-cause-networkx-pygraphviz-to-work-fine-alone-but-not-together，而是使用'nx.drawing.nx_agraph.to_agraph' – kungfujam

@kungfujam：感谢您的更新。 – unutbu

您可以使用networkx软件包，该软件可以很好地解决这类问题。调整你的矩阵，除去简单的numpy的数组是这样的：

DistMatrix =array([[0,  0.3, 0.4, 0.7], 
[0.3, 0,  0.9, 0.2], 
[0.4, 0.9, 0,  0.1], 
[0.7, 0.2, 0.1, 0] ])

然后导入networkx，并用它

import networkx as nx 
G = G=nx.from_numpy_matrix(DistMatrix) 
nx.draw(G)

如果要绘制图形的加权版本，你必须指定每条边的颜色（至少，我无法找到一个更自动化的方式来做到这一点）：

nx.draw(G,edge_color = [ i[2]['weight'] for i in G.edges(data=True) ], edge_cmap=cm.winter)

来源

2012-11-22 13:41:25 EnricoGiampieri

从距离矩阵中绘制图形或网络？

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