调整matplotlib颜色映射以显示模拟

我正在根据此实验构建一个小模拟： https://www.youtube.com/watch?v=plVk4NVIUh8，它显示了细菌随时间的演变。调整matplotlib颜色映射以显示模拟

我在陪替氏培养皿的边缘初始化一些细菌具有随机电阻：

作为细菌传播，从非占用的空间对比度越来越少，100代后它成为这样的：

我使用plt.matshow（地图），以使图片，其中地图是2D numpy的阵列，与细菌的电阻值（总是大于0）时，非占用的空间被表示为0.我尝试了不同的颜色映射，但它没有帮助。我的目的是使非占用空间有一些恒定的深色，感染空间有些浅色，并注意不同的电阻值。

你能帮我吗？

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2016-09-21 user3598726

尝试使用'colorbar'，它会告诉你，如果你的规模表现出来。您可能必须设置手动'vmin/vmax'。 'matshow'在引擎盖下使用['imshow']（http://matplotlib.org/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.imshow），这有时会伴随缩放。考虑使用['pcolormesh']（http://matplotlib.org/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.pcolormesh）。 –

我能够使visulaization更好，使用logaritmic正常化：比方说，我bacteriaMap具有真正不同resistancevalues：

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib as mpl 

size=10 
a = rand(size, size) * 0.2 
b = rand(size, size) * 2 
c = rand(size, size) * 20 
sumMap = np.concatenate((a,b,c), axis=1)

sumMap是numpy的阵列来绘制，小，中，大数字。构建颜色表和正规化：

maxval=np.max(sumh) 
minval=np.min(sumh) 
colormap = plt.get_cmap('magma') 
norm = mpl.colors.LogNorm(vmax=maxval, vmin=minval)

如果我使用正常化地图loks这样的：

img = plt.pcolormesh(sumh, cmap=colormap, norm=norm) 
img.figure.show()

如果我不去：

img = plt.pcolormesh(sumh, cmap=cmap, ) 
img.figure.show()

来源

2016-09-24 14:39:45 user3598726

你可以得到一个colormap暗值为低值，如'岩浆'和定义，因为安德烈亚斯建议'vmin'值。例如

import matplotlib.pyplot as plt 
from scipy import rand 

a = rand(10, 20) + 0.5 
a[0, 0] = 0 
cmap = plt.get_cmap('magma') 
img = plt.pcolormesh(a, cmap=cmap, vmin=0,) 
img.figure.show()

干杯！小号

来源

2016-09-21 18:45:10 stevosn

谢谢，使用vmin，vmax值帮助了我很多，但真正的交易是logaritmic标准化 – user3598726

调整matplotlib颜色映射以显示模拟

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