phylogeny

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我似乎无法看到我错误的地方。我现在用的是包phylolm做一些回归与进化数据我的模型没有运行，返回错误：错误phyloglm(testVar ~ ...the number of rows in the data does not match the number of tips in the tree. 我所做的一切检查，但在我的树的种类和那些在我数据是匹配的。我的代码是 diet<-rea

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用二元响应变量绘制系统发生逻辑回归

我用phylolm包进行系统发育对比分析。由于我的响应变量是二进制数据（1和0），我使用了系统发育逻辑回归。如何绘制phyloglm的输出？我发现了类似的问题here，但我无法理解答复。能否请你提供一些关于如何绘制结果的建议，如下所示？

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在R循环中跳过慢任务

我试图在R中运行一个模拟，在那里我制作了一大堆系统发育树。树模拟有点问题，因为它的运行时间变化很大，有时候是0.005秒，有时是几分钟。我想避免缓慢的树木，所以我试图使用evalWithTimeout来跳过它们。到目前为止，我遇到了问题，因为我无法在不杀死循环的情况下杀死缓慢的任务。我的问题与this question类似，但该问题的解决方案对我没有帮助。 library(TreeSim) l

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r - phyloseq - 物种以外的分类群的排序（家族，顺序等）

我已经回顾了phyloseq教程，但我无法确定如何确定压力水平并绘制特定分类群（其他比物种），如家庭或其他分类。为了说明我的观点，这里是下述R代码： library("phyloseq") data(GlobalPatterns) GP <- GlobalPatterns 这是隔离的家庭类群仅 GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"] GPotu <

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将宏基因组阅读（OTU代表）与我的系统发育树对齐〜AND〜评估多个样本如何对齐

因此... 我正在处理氨基酸序列。我得到含有参考序列的FASTA文件和一个txt文件给出了每个序列的分类（域名，子域名，昵称等等等等等等）。首先，我需要用这些序列构造一棵树来检查它们是否按照它们所属的类别进行分组。例如：属于域A组的序列一起，属于子域A1组的序列等等。然后...我得到含衍生OTU代表从宏基因组读取和一个OTU伯爵表声明多少每个代表都存在于我的20个样本中的每一个FASTA文件。

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比较两个矩阵的变化

我在R中执行一些生物地理分析，结果编码为一对矩阵。列代表地理区域，行代表系统发育树中的节点，并且矩阵中的值是分支事件发生在由该列指示的地理区域中的概率。一个非常简单的例子是： > One_node<-matrix(c(0,0.8,0.2,0), + nrow=1, ncol=4, + dimnames = list(c("node 1"), + c("A","B",

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将ifelse函数应用于系统发育扇的颜色提示

在系统发育扇中，我想通过应用if语句对提示进行颜色编码（类似本例中的62种）。我目前使用下面的代码，试图以色彩搭配“O”深绿相关联的所有种类： ColourIf = ifelse(LU != "O", "blue", "darkgreen") tiff("PhyloFan.tif", height=10, width=10, units="in", res=300, compression="

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如何在Mac OSX上从R中的原始形态数据创建Newick树格式

我试图教自己如何为R中的历史语言学做系统发育。我找到了一个公共数据集（https://www.cs.rice.edu/~nakhleh/CPHL/IEDATA_112603），并且我想要从它得到一个Newick格式的树，以便我可以按照这些指示将其可视化：https://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTrees。我在Max OS 10.12.6上运行R 3.

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系统发育关联检验

我需要在两个变量之间进行相关性检验（返回r，t和p.value），这两个变量说明了个体之间的系统发育关联结构。有没有简单的方法来做到这一点在R？

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系统发育树中的绘图点R

我想在第一个节点上只绘制一个点，然后在第一个尖端绘制另一个点。到目前为止，我可以一次画出点，但只有所有点，我找不到分开绘制它的方式。我有什么至今： library(ape) t3 = '((a:1,b:1):1,(c:1.5,d:0.5):0.5):1;' plot(read.tree(text = t3),root.edge=T) nodelabels(pch=21, col="black