gplots

    6热度

    2回答

    我试图使用heatmap.2来制作热图,但没有获取单元格边框。如果我设置参数sepwidth和sepcolor它不起作用,我必须包括colsep和rowsep参数,但仍然这样做,一些单元格边框不绘制,任何想法? heatmap.2(as.matrix(df), key=F, trace="none", ColSideColors=colorside, cexRow=0.6, b

    0热度

    1回答

    所以我看了一些类似的主题帖子,但没有一个看起来完全是我需要的,或者我根本不明白他们提供的解决方案......所以这里就去... 我用lme4运行混合效果模型来查看一些黑猩猩数据。我有两个因素(攻击率;交配率)影响我的依赖(喂养时间)。 我想生成两个散点图,显示每个预测变量和结果变量之间的关系,但我想绘制一条线,该线来自模型估计值(而不是(lm (y〜x))类型,它只给出一条简单的回归线,而不是基于

    5热度

    1回答

    我想能够使用两个RowSideColor酒吧与R包图的heatmap.2功能,但我不知道如何做到这一点。我在堆栈溢出之前看到过这个问题,在回答问题的同时,答复没有解决这个问题。将因素添加到输入数据矩阵中将不起作用,因为它会影响层次聚类的结果。如果有必要,我愿意使用其他类似heatmap的函数来实现我的目标。 感谢, 布拉德

    0热度

    1回答

    我正在使用此代码来绘制我的图表,但我不知道如何添加传说? library(gplots) data1 <- as.matrix(read.table('$INPUT_FILE1', header = T)) data2 <- as.matrix(read.table('$INPUT_FILE2', header = T)) data1.experiment <- as.factor(data

    0热度

    1回答

    我从Perl的CGI调用当我把它的工作原理,但在Perl我不能在服务器上使用Rscript myRscript.R从UNIX负载R库似乎能够加载任何包。我得到以下错误(从Apache日志): Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots' 使用.libPaths(): > .libPaths() [1] "/home/

    0热度

    1回答

    我有一个基因组数据的文件,我正在试图创建数据的热图和染色体信息的边栏。为了使热图我转换的数值从我的文件,创建一个当时我能够绘制AA数据矩阵: Heatmap <- heatmap.2(DataMatrix, trace="none", col=greenred, key=T, keysize=1.5, labRow=NA, density.info="none", Colv=FALSE) 不过

    1热度

    2回答

    我使用gplots heatmap.2使热图: library(gplots) # some fake data m = matrix(c(0,1,2,3), nrow=2, ncol=2) # make heatmap hm = heatmap.2(m) 当我做“heatmap.2”直接我得到一个阴谋,我可以输出到设备。我怎样才能从我的变量'hm'重新绘制情节?显然,这是一个玩具的例

    3热度

    2回答

    我有以下代码执行hiearchical 集群并将它们绘制在热图中。 library(gplots) set.seed(538) # generate data y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""), paste("t", 1:5, sep=""))) # the actual data is

    1热度

    1回答

    我正在想象一个数据集与heatmap.2函数从gplots包在R.基本上我是对原始数据执行分层聚类分析,同时强制热图显示数据的有限版本(-3和+3之间),以限制异常值对热图外观的影响,同时仍保留原始聚类。当我使用完整的数据集(fullmousedatamat)时,它工作得很好。但是,当我使用部分数据集(partialmousedatamat),并且想要使用与完整数据集相同的密钥进行绘图时,一些颜色

    4热度

    1回答

    我有: library(gplots); x<-matrix(seq(1:100),nrow=10,byrow=TRUE); heatmap.2(x, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", main="This title will be cut off by the white space where the non-existant key is supposed