gplots

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我已经如在此示出的工作热图，与gplots建成， A AA AAA BBB CASH CASH 0 0 0 0 JSUB 0.22171 0 0 2.20712 SECR 2.92828 1.97112 3.53786 0.91444 SENR 18.86672 11.53339 15.06844 21.57709 SSEN 5.707 1.96225

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如何调整热图中的颜色范围.2

我想绘制使用R语言的热图。在绘制热图图后，我发现我的热图不适合解释，因为颜色键的范围没有很好地调整。正如您在下面看到的，与我的数据分布相比，颜色键范围非常长（它们在0到4之间）。因此，热图中的所有颜色都是绿色的。如何解决这个问题呢？以下是我的代码。（我试图寻找解决方案，但我没有找到我的情况下适当的线程。） library(gplots) matrix <- as.matrix(read

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如何在层次聚类后提取由gplots创建的热图所衍生的矩阵？

我正在制作热图，但在绘图之前我无法将结果分配给变量以检查结果。 Rstudio自动绘制它。我想按照热图的顺序得到rownames的列表。我不确定这是否可能。使用此代码我'： hm <- heatmap.2(assay(vsd)[ topVarGenes, ], scale="row", trace="none", dendrogram="both", col = color

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igraph中的颜色特定节点

我试图为节点6和7着色，而不管从对象'd'中选择的任何字母。 g <- graph_from_literal(1:2:3:4:5 -- 6:7) # Rename (sum up all the vertices) d <- c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g","h", "i", "j") V(g)$name <- sample(d, 7, replac

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如何在R中的heatmap2中将行标签从右向左移动？

所以我想改变从右到左出现的行标签。

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有没有一种方法可以在多行或多列之间共享heatmap.2轴标签？

我有一个热图，想要为多列创建共享标签，即列1和列2的标签以及列3和列4（或列的任意组合）的标签。这可能与heatmap.2？当前情节：所需的输出：

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当在rmarkdown中打印heatmap.2对象时为空输出

我使用通过R-Studio并想通过heatmap.2绘制heatmap。当通过strCol选项更改列标签的角度时，我会在输出PDF文件的heatmap之前打印一条NULL消息。附加最小代码重现该问题： {r, message=FALSE,warning=FALSE, echo=FALSE} require(gplots) data(mtcars) x <- as.matrix(mtcars

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将heatmap2中的零值保留为无值

我正在使用gplots和Rcolorbrewer使用heatmap2()函数生成热图。我的数据有零，表示此示例中没有记录任何数据。要创建热图，我希望这些零点被着色为白色，其余的点在三色图例中。这是迄今为止代码： my_palette <- colorRampPalette(c("blue", "green", "red"))(n = 299) col_breaks = c(seq(0.001

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在gplot中使用filled.contour在R中添加轴标题R

这是我可重现的代码示例。除了轴标题/标签没有被添加以外，一切看起来都应该如图所示。尽管遵循了函数文档中的指导，但我很努力想办法解决这个问题。帮助将非常感谢 - 事先感谢。 output <- matrix(data = c(0.7,0.5,0.3,0.8,0.6,0.4,0.9,0.7,0.5,1,0.8,0.6),nrow=3, ncol=4) # Change colum

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R：heatmap.2不会产生对称的情节甚至我设置SYMM = T

我具有相同rownames和colnames矩阵：Matrix 然后我使用heatmap.2对称地绘制它： heatmap.2(matrix, Rowv=T, scale='none', dendrogram="row", symm =T, col = brewer.pal(9,"Reds")) 但我得到如下图：它不是对称的。有人可以给我一个建议吗？感谢， sessionInfo() R