我有一个由ggplot2生成的图,其中包含两个图例。 放置的传说并不理想,所以我想调整 他们。我一直在试图模仿 the answer to "How do I position two legends independently in ggplot"中显示的方法。 该答案中显示的示例有效。 但是,我无法得到所描述的方法适用于我的情况。将两个独立的图例分别放置在一个面ggplot2图中
我在Debian上使用R 2.15.3(2013-03-01),ggplot2_0.9.3.1,lattice_0.20-13,gtable_0.1.2,gridExtra_0.9.1 。
考虑由minimal.R
生成的图。这与我的实际情节类似于 。
这会导致以下情况。可以看出,Data type
和Pvalue
传说没有很好的定位。我将此代码修改为 minimal2.R
。
版本1的,应该把传说中的顶部,代码运行 没有错误,但没有传说中所示。
编辑:有两个框显示,一个在另一个之上。排名第一的 为空。如果我没有设置grid.arrange()
的高度,如@baptiste, 所示,那么图例和情节都将放置在底部框中。 如果我如图所示设置高度,那么我看不到图例。
编辑2:看起来额外的空白框被调用grid.newpage
, 我从早先的问题复制。我不知道为什么它在那里。 如果我不使用那一行,那么我只得到一个框/页。
对于版本2,我收到此错误。
Error in UseMethod("grid.draw") :
no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "c('gg', 'ggplot')"
Calls: simplot -> grid.draw
编辑:如果我使用print(plotNew)
通过@baptiste的建议,然后我得到以下错误
Error in if (empty(data)) { : missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: simplot ... facet_map_layout -> facet_map_layout.grid -> locate_grid.
我试图弄清楚是怎么回事,但我无法找到太多 相关信息。
注:
我不知道为什么我得到了 经验CDF楼梯效果。我确信有一个明显的解释。如果您知道,请 启发我。
我愿意考虑替代这个代码和 甚至GGPLOT2生产该图,如果任何人都可以提出其他建议,例如 matplotlib,我从来没有认真地尝试过。
添加
print(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2)))
到
minimal2.R
给我TableGrob (7 x 7) "layout": 12 grobs z cells name grob 1 0 (1-7,1-7) background rect[plot.background.rect.186] 2 1 (3-3,4-4) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.135] 3 2 (3-3,6-6) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.141] 4 5 (4-4,3-3) axis-l absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.129] 5 3 (4-4,4-4) panel gTree[GRID.gTree.155] 6 4 (4-4,6-6) panel gTree[GRID.gTree.169] 7 6 (5-5,4-4) axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.117] 8 7 (5-5,6-6) axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.123] 9 8 (6-6,4-6) xlab text[axis.title.x.text.171] 10 9 (4-4,2-2) ylab text[axis.title.y.text.173] 11 10 (4-4,4-6) guide-box gtable[guide-box] 12 11 (2-2,4-6) title text[plot.title.text.184]
我不明白这个故障。谁能解释一下?
guide-box
对应的传说,以及如何知道这一点?
这里是我的代码的修改版本,minimal2.R
。
########################
minimal2.R
########################
get_stat <- function()
{
n = 20
q1 = qnorm(seq(3, 17)/20, 14, 5)
q2 = qnorm(seq(1, 19)/20, 65, 10)
Stat = data.frame(value = c(q1, q2),
pvalue = c(dnorm(q1, 14, 5)/max(dnorm(q1, 14, 5)), d = dnorm(q2, 65, 10)/max(dnorm(q2, 65, 10))),
variable = c(rep('true', length(q1)), rep('data', length(q2))))
return(Stat)
}
stat_all<- function()
{
library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(gtable)
stathuman = get_stat()
stathuman$dataset = "human"
statmouse = get_stat()
statmouse$dataset = "mouse"
stat = merge(stathuman, statmouse, all=TRUE)
return(stat)
}
simplot <- function()
{
Stat = stat_all()
Pvalue = subset(Stat, variable=="true")
pdf(file = "CDF.pdf", width = 5.5, height = 2.7)
## only include data type legend
stat1 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=guide_legend(override.aes = list(size = 2))) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE)
## Extract data type legend
dataleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat1)), "guide-box")
## only include pvalue legend
stat2 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""))
## Extract pvalue legend
pvalleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2)), "guide-box")
## no legends
stat = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) +
theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) +
scale_x_continuous("Negative log likelihood") +
scale_y_continuous("Proportion $<$ x") +
facet_grid(~ dataset, scales='free') +
scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) +
geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) +
scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE)
## Add data type legend: version 1 (data type legend should be on top)
## plotNew <- arrangeGrob(dataleg, stat, heights = unit.c(dataleg$height, unit(1, "npc") - dataleg$height), ncol = 1)
## Add data type legend: version 2 (data type legend should be somewhere in the interior)
## plotNew <- stat + annotation_custom(grob = dataleg, xmin = 7, xmax = 10, ymin = 0, ymax = 4)
grid.newpage()
grid.draw(plotNew)
dev.off()
}
simplot()
我感兴趣的一个问题的答案(这样独立的问题),但远视觉上你可以直接标注线条而不是使用图例? – 2013-05-11 22:00:31
@TylerRinker:我不确定你有什么想法。你能详细说明吗? – 2013-05-11 22:02:55
不是说直接标签包是实现此目的的唯一方式,而是[this](https://encrypted-tbn2.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcQ4Qoq19dCE6mjhpmT5BngK6csAWQL__ZwQPredqteXt3uO0j2j)。这减少了对眼睛的搜索量,减少了处理需求,这意味着数据是占用工作记忆中空间的数据,而不是线的颜色。 – 2013-05-11 22:07:46