2013-05-11 82 views
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我有一个由ggplot2生成的图,其中包含两个图例。 放置的传说并不理想,所以我想调整 他们。我一直在试图模仿 the answer to "How do I position two legends independently in ggplot"中显示的方法。 该答案中显示的示例有效。 但是,我无法得到所描述的方法适用于我的情况。将两个独立的图例分别放置在一个面ggplot2图中

我在Debian上使用R 2.15.3(2013-03-01),ggplot2_0.9.3.1,lattice_0.20-13,gtable_0.1.2,gridExtra_0.9.1 。

考虑由minimal.R生成的图。这与我的实际情节类似于 。

​​

这会导致以下情况。可以看出,Data typePvalue传说没有很好的定位。我将此代码修改为 minimal2.R

enter image description here

版本1的,应该把传说中的顶部,代码运行 没有错误,但没有传说中所示。

编辑:有两个框显示,一个在另一个之上。排名第一的 为空。如果我没有设置grid.arrange()的高度,如@baptiste, 所示,那么图例和情节都将放置在底部框中。 如果我如图所示设置高度,那么我看不到图例。

编辑2:看起来额外的空白框被调用grid.newpage, 我从早先的问题复制。我不知道为什么它在那里。 如果我不使用那一行,那么我只得到一个框/页。

对于版本2,我收到此错误。

Error in UseMethod("grid.draw") : 
    no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "c('gg', 'ggplot')" 
Calls: simplot -> grid.draw 

编辑:如果我使用print(plotNew)通过@baptiste的建议,然后我得到以下错误

Error in if (empty(data)) { : missing value where TRUE/FALSE needed 
Calls: simplot ... facet_map_layout -> facet_map_layout.grid -> locate_grid. 

我试图弄清楚是怎么回事,但我无法找到太多 相关信息。

注:

  1. 我不知道为什么我得到了 经验CDF楼梯效果。我确信有一个明显的解释。如果您知道,请 启发我。

  2. 我愿意考虑替代这个代码和 甚至GGPLOT2生产该图,如果任何人都可以提出其他建议,例如 matplotlib,我从来没有认真地尝试过。

  3. 添加

    print(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2))) 
    

    minimal2.R给我

    TableGrob (7 x 7) "layout": 12 grobs 
        z  cells  name         grob 
    1 0 (1-7,1-7) background  rect[plot.background.rect.186] 
    2 1 (3-3,4-4) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.135] 
    3 2 (3-3,6-6) strip-top absoluteGrob[strip.absoluteGrob.141] 
    4 5 (4-4,3-3)  axis-l absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.129] 
    5 3 (4-4,4-4)  panel    gTree[GRID.gTree.155] 
    6 4 (4-4,6-6)  panel    gTree[GRID.gTree.169] 
    7 6 (5-5,4-4)  axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.117] 
    8 7 (5-5,6-6)  axis-b absoluteGrob[GRID.absoluteGrob.123] 
    9 8 (6-6,4-6)  xlab   text[axis.title.x.text.171] 
    10 9 (4-4,2-2)  ylab   text[axis.title.y.text.173] 
    11 10 (4-4,4-6) guide-box     gtable[guide-box] 
    12 11 (2-2,4-6)  title   text[plot.title.text.184] 
    

    我不明白这个故障。谁能解释一下? guide-box对应的传说,以及如何知道这一点?

这里是我的代码的修改版本,minimal2.R

######################## 
minimal2.R 
######################## 

get_stat <- function() 
    { 
    n = 20 
    q1 = qnorm(seq(3, 17)/20, 14, 5) 
    q2 = qnorm(seq(1, 19)/20, 65, 10) 
    Stat = data.frame(value = c(q1, q2), 
     pvalue = c(dnorm(q1, 14, 5)/max(dnorm(q1, 14, 5)), d = dnorm(q2, 65, 10)/max(dnorm(q2, 65, 10))), 
     variable = c(rep('true', length(q1)), rep('data', length(q2)))) 
    return(Stat) 
    } 

stat_all<- function() 
{ 
    library(ggplot2) 
    library(gridExtra) 
    library(gtable) 
    stathuman = get_stat() 
    stathuman$dataset = "human" 
    statmouse = get_stat() 
    statmouse$dataset = "mouse" 
    stat = merge(stathuman, statmouse, all=TRUE) 
    return(stat) 
} 

simplot <- function() 
    { 
    Stat = stat_all() 
    Pvalue = subset(Stat, variable=="true") 
    pdf(file = "CDF.pdf", width = 5.5, height = 2.7) 

    ## only include data type legend 
    stat1 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) + 
     theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) + 
     scale_x_continuous("Negative log likelihood") + 
      scale_y_continuous("Proportion $<$ x") + 
      facet_grid(~ dataset, scales='free') + 
       scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=guide_legend(override.aes = list(size = 2))) + 
       geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) + 
        scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE) 

    ## Extract data type legend 
    dataleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat1)), "guide-box") 

    ## only include pvalue legend 
    stat2 = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) + 
     theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) + 
     scale_x_continuous("Negative log likelihood") + 
      scale_y_continuous("Proportion $<$ x") + 
      facet_grid(~ dataset, scales='free') + 
       scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) + 
       geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) + 
        scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c("")) 

    ## Extract pvalue legend 
    pvalleg <- gtable_filter(ggplot_gtable(ggplot_build(stat2)), "guide-box") 

    ## no legends 
    stat = ggplot() + stat_ecdf(data=Stat, n=1000, aes(x=value, colour = variable)) + 
     theme(legend.key = element_blank(), legend.background = element_blank(), legend.position=c(.9, .25), legend.title = element_text(face = "bold")) + 
     scale_x_continuous("Negative log likelihood") + 
      scale_y_continuous("Proportion $<$ x") + 
      facet_grid(~ dataset, scales='free') + 
       scale_colour_manual(values = c("blue", "red"), name="Data type", labels=c("Gene segments", "Model"), guide=FALSE) + 
       geom_area(data=Pvalue, aes(x=value, y=pvalue, fill=variable), position="identity", alpha=0.5) + 
        scale_fill_manual(values = c("gray"), name="Pvalue", labels=c(""), guide=FALSE) 

    ## Add data type legend: version 1 (data type legend should be on top) 
    ## plotNew <- arrangeGrob(dataleg, stat, heights = unit.c(dataleg$height, unit(1, "npc") - dataleg$height), ncol = 1) 

    ## Add data type legend: version 2 (data type legend should be somewhere in the interior) 
    ## plotNew <- stat + annotation_custom(grob = dataleg, xmin = 7, xmax = 10, ymin = 0, ymax = 4) 

    grid.newpage() 
    grid.draw(plotNew) 
    dev.off() 
    } 

simplot() 
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我感兴趣的一个问题的答案(这样独立的问题),但远视觉上你可以直接标注线条而不是使用图例? – 2013-05-11 22:00:31

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@TylerRinker:我不确定你有什么想法。你能详细说明吗? – 2013-05-11 22:02:55

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不是说直接标签包是实现此目的的唯一方式,而是[this](https://encrypted-tbn2.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcQ4Qoq19dCE6mjhpmT5BngK6csAWQL__ZwQPredqteXt3uO0j2j)。这减少了对眼睛的搜索量,减少了处理需求,这意味着数据是占用工作记忆中空间的数据,而不是线的颜色。 – 2013-05-11 22:07:46

回答

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它可以使用grid.arrange和arrangeGrob完成,但是正确调整高度和宽度是一种痛苦。

grid.arrange(arrangeGrob(dataleg, pvalleg, nrow=1, ncol=2, widths=c(unit(1, "npc"), unit(5, "cm"))), stat, nrow=2, heights=c(unit(.2, "npc"), unit(.8, "npc"))) 

我平时比较喜欢做与适当的传奇新的情节和使用这个新的传奇:

h <- ggplot(data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10), c=factor(rbinom(10, 1,.5), labels=c("Gene segments", "Model")), d=factor("")), 
     aes(x=a, y=b)) + 
    geom_line(aes(color=c), size=1.3) + geom_polygon(aes(fill=d)) + 
    scale_color_manual(values=c("blue", "red"), name="Data type") + 
    scale_fill_manual(values="gray", name="P-value") 
g_legend<-function(a.gplot){ 
    tmp <- ggplot_gtable(ggplot_build(a.gplot)) 
    leg <- which(sapply(tmp$grobs, function(x) x$name) == "guide-box") 
    legend <- tmp$grobs[[leg]] 
    return(legend) 
} 
legend <- g_legend(h) 

grid.arrange(stat, legend, nrow=1, ncol=2, widths=c(unit(.8, "npc"), unit(.2, "npc"))) 
grid.arrange(legend, stat, nrow=2, ncol=1, heights=c(unit(.2, "npc"), unit(.8, "npc"))) 
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