如何在varImpPlot上设置x限制

如何更改由randomForest包中varImpPlot生成的图的x限制？如何在varImpPlot上设置x限制

如果我尝试

set.seed(4543) 
data(mtcars) 
mtcars.rf <- randomForest(mpg ~ ., data=mtcars, ntree=1000, keep.forest=FALSE, 
         importance=TRUE) 
varImpPlot(mtcars.rf, scale=FALSE, type=1, xlim=c(0,15))

我收到以下错误：

Error in dotchart(imp[ord, i], xlab = colnames(imp)[i], ylab = "", main = if (nmeas == : formal argument "xlim" matched by multiple actual arguments".

这是因为varImpPlot定义了自己的x的限制，我想，但我怎么能解决这个问题，如果我想自己设置x限制（也许是为了保证图形的一致性）？

来源

2016-06-11 Jessica Beyer

我已经从使用varimpplot，向使用dotchart，点阵图{LAT趋于远离tice}或者geom_dotplot {ggplot2}来对绘图进行更多样化的控制。您可以提取值以使用重要性进行绘图（mtcars.rf）。当然，重要性也可以很好地用条而不是点来表示，尽管这种情况并不常见。如果您比较不同射频之间的重要性，这很适合分组条形图。 – dww

话虽如此，我认为xlim不起作用的原因是因为默认情况下，varimp图会为不同重要性度量创建2个点图。所以它不知道哪个轴应用限制。尝试设置type = 1或type = 2，并且限制应该工作 – dww

我曾尝试设置type = 1，并且我仍然得到相同的错误。结束了使用你的第一个建议，它完美的工作，谢谢！ –

首先我提取使用importance()的值（由于从@dww建议）

impToPlot <- importance(mtcars.rf, scale=FALSE)

然后我使用dotchart()绘制它们，这使我手动设置x限制（和任何其他情节设有我倒是等）

dotchart(sort(impToPlot[,1]), xlim=c(0,15), xlab="%IncMSE")

来源

2016-06-11 15:57:07

如何在varImpPlot上设置x限制

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