如何处理IncompleteRead：在biopython

Question

我想从NCBI使用Biopython模块获取fasta序列的登录号码。通常序列已成功下载。但是，一旦在一段时间我得到下面的错误

http.client.IncompleteRead：IncompleteRead

我寻觅的答案How to handle IncompleteRead: in python

（61808640个字节读）我已经尝试了上面的答案https://stackoverflow.com/a/14442358/4037275 。这是工作。但是，问题是，它会下载部分序列。有没有其他办法。任何一个人都可以指引我正确的方向。

谢谢你的时间。

from Bio import Entrez 
from Bio import SeqIO 
Entrez.email = "my email id" 


def extract_fasta_sequence(NC_accession): 
    "This takes the NC_accession number and fetches their fasta sequence" 
    print("Extracting the fasta sequence for the NC_accession:", NC_accession) 
    handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=NC_accession, rettype="fasta", retmode="text") 
    record = handle.read() 

Answer 1

您需要添加一个try/except来捕获像这样的常见网络错误。请注意，异常httplib.IncompleteRead是更一般HTTPException的子类，请参阅：https://docs.python.org/3/library/http.client.html#http.client.IncompleteRead

例如， http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2011-October/013735.html

另请参阅https://github.com/biopython/biopython/pull/590将捕获您可以使用NCBI Entrez API获得的其他一些错误（NCBI应该处理的错误，但不要）。