在安装biopython软件包

im使用mac 10.6.7和xcode 4安装gcc 4.2时遇到问题。但是当我用安装biopython：蟒蛇的setup.py的命令安装，它给出了错误的GCC：在安装biopython软件包

10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install 
running install 
running build 
running build_py 
running build_ext 
building 'Bio.cpairwise2' extension 
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -arch x86_64 -pipe -IBio -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/include/python2.6 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-universal-2.6/Bio/cpairwise2module.o 
/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler   (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed 
Installed assemblers are: 
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/x86_64/as for architecture x86_64 
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/i386/as for architecture i386 
Bio/cpairwise2module.c:639: fatal error: error writing to -: Broken pipe 
compilation terminated. 
lipo: can't open input file: /var/folders/ir/ir6RCJTKGB4QU5sVdTXwt++++TI/-Tmp-//cccUvTiF.out (No such file or directory) 
error: command 'gcc-4.2' failed with exit status 1

来源

2011-06-07 Ran

相关问题（与解决方案）：http://stackoverflow.com/questions/5256397/python-easy-install-fails-with-assembler-for-architecture-ppc-not-installed-on/5283514 ＃5283514 – 2011-06-16 11:39:34

我建议你的问题的根源在于这一行：

/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed

的XCode 4不喜欢尝试编译事情与PPC架构，所以你需要停下来尝试：

env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py install

（免责声明：我无法测试这个，因为BioPython在我的10.6.7机器上构建得很好......）

您可能从http://biostar.stackexchange.com以后的任何BioPython问题中获得更多乐趣。

来源

2011-06-08 09:00:16 sjcockell

似乎是苹果新版X代码的问题，也影响到其他Python库，如NumPy。

查看这个线程，其中提出了一个简单的解决方案是卸载X代码4，安装的Xcode 3，然后任选重新安装的XCode 4.

http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2011-June/007320.html

来源

2011-06-16 11:36:40 peterjc

安装biopython是使用Anaconda最简单的方法。从Continuum网站下载最新版本（http://continuum.io/downloads），安装软件包，然后转到终端并更新conda和anaconda（只是为了安全起见，您拥有所有新软件包）。那么，这样做：

conda update conda 
conda update anaconda

那你就准备好与安装biopython：

conda install biopython

就是这样。打开Anaconda并启动一个IPython笔记本。要查看biopython作品是否做到以下几点：

from Bio.Seq import Seq 
my_seq = Seq("AGTACACTGGT") 
my_seq 
如果你得到你的序列回来，这是工作。

来源

2015-04-26 18:08:22

在安装biopython软件包

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