RadViz＆调查/置换矩阵图在R

我目前正在为多元数据分析中的研究生班做一个简短的演讲。它是关于显示多元数据（用于人类理解）的方法，以及我们应该呈现的六种方法的方法，我已经采用了radial visualization plots（具体称为“RadViz”）和调查图（它们是各种排列矩阵的可视化，或者我已经从我的研究中领悟到）。尽管我已经能够在这些可视化方法的使用方面找到足够的资源，以及它们的优点/缺点，但是我发现了在R中实现它们的代码时遇到问题。RadViz＆调查/置换矩阵图在R

我找到了两个用户定义的函数，这些书面函数将在R中执行survey plots和radial visualization。这些似乎是“dprep”包的一部分，它已经从CRAN中断了，并尝试尽我所能，我似乎无法将它作为一个包安装从档案中下载旧版本。此外，所有这些代码现在已经有六年了，还有几个版本都没有数据，如果它在某些时候可能完全无法使用，我不愿意推荐给同学。

我想我问的是如果有任何更容易或更干净的方式 - 可能作为现有包的一部分 - 在R中实现这些可视化，或者如果我唯一的选择是使用上述（很老的）代码来做到这一点。我知道其他编程语言（Python）以及其他软件（Orange，VisuLab）的解决方案，但由于该类主要基于使用R，所以我希望能够在其中呈现如果我能够。

来源

2015-04-05 plagueheart

听起来像我们需要教你去搜索。 Google路径始终可用，但对于R功能，如果主题名称通常用于其他概念，则它有时不够具体。我经常配对搜索词与“rproject”

https://www.google.com/search?q=radviz&ie=utf-8&oe=utf-8#q=radviz+rproject

调出：

http://www.cs.uml.edu/~phoffman/Radviz/readme.txt # R interface to C-implementation

...以及其他许多人，但它会采取一些努力，以通过排序查找特定R-实施。

我必须使用findFn - 函数在SOS包许多成功：

install.packages("sos") 
library(sos)

原本我以为这只是普通的雷达图，但似乎它可能是不同的东西。

> findFn("Radial Coordinate Visualization") 
found 12 matches; retrieving 1 page 

Downloaded 4 links in 3 packages.

上Radviz搜索只带来了一个单一的项目，radviz2d，其帮助页面链接到同一个包“dprep”一个surveyplot功能。 “径向”一词带来了大量的，可能无法管理：

> findFn("radial plots") 
found 456 matches; retrieving 20 pages, 400 matches. 
2 3 4 5 6 7 8 9 10 
11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

这些条款提供了一个更容易管理的数字。雷达图或蜘蛛图一般用于离散变量，但径向坐标可视化似乎是在二维域上投影多变量关联的一种方法。 '循环'包也处理连续变量的显示和统计。

从CRAN存档我下载和解压缩版本2。dprep_2.1.tar.gz：radviz 1

source('~/Downloads/dprep/R/radviz2d.R', chdir = TRUE) 
    mmnorm <- 
function (data,minval=0,maxval=1) 
{ 
d=dim(data) 
c=class(data) 
cnames=colnames(data) 
classes=data[,d[2]] 
data=data[,-d[2]] 
minvect=apply(data,2,min) 
maxvect=apply(data,2,max) 
rangevect=maxvect-minvect 
zdata=scale(data,center=minvect,scale=rangevect) 
newminvect=rep(minval,d[2]-1) 
newmaxvect=rep(maxval,d[2]-1) 
newrangevect=newmaxvect-newminvect 
zdata2=scale(zdata,center=FALSE,scale=(1/newrangevect)) 
zdata3=zdata2+newminvect 
zdata3=cbind(zdata3,classes) 
if (c=="data.frame") zdata3=as.data.frame(zdata3) 
colnames(zdata3)=cnames 
return(zdata3) 
} 
load("/Users/davidwinsemius/Downloads/dprep/data/my.iris.rda") 
radviz2d(my.iris,"Iris")

enter image description here

该软件包还具有其他一些功能，包括调查的情节，在R的情况，所以他们并不需要是编译。在我没有调查的包中有一个编译函数。

来源

2015-04-05 18:43:09

我确实发现了所有这些，这就是为什么我试图在原始问题中总结它的原因。（我很抱歉，我没有做很好的工作 - 这是深夜，并且有很多东西我试图总结，而没有问题一直持续下去。）RadViz就像你说的，一个将高维数据集投影到两个维度的方法，它与其他形式的径向图不同。 [This]（http://www.agocg.ac.uk/reports/visual/casestud/brunsdon/radviz.htm）是该技术的一个很好的总结。 – plagueheart 2015-04-06 02:00:42

在Google上搜索“radviz rproject”时，只能找到您找到的已弃用的“dprep”包，就像我在原始问题中提到的那样。我想知道是否还有其他选择，我想我没有完全清楚，对此我表示歉意。 – plagueheart 2015-04-06 02:02:04

我能够从dprep-package加载'.r'代码并运行它。我不会称之为“已弃用”，只能放弃。 – 2015-04-06 02:04:22

我发布了新版本的dprep。 Edgar Acuna

来源

2015-11-29 13:09:07

RadViz＆调查/置换矩阵图在R

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