击：替换文件名

我有一个命令我要对所有文件夹的文件中运行的一部分，该命令的语法如下：击：替换文件名

tophat -o <output_file> <input_file>

我希望做的是一个脚本它循环遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名创建相似但不同的输出文件名。文件名看起来是这样的：

input name    desired output name 
path/to/sample1.fastq  path/to/sample1.bam 
path/to/sample2.fastq  path/to/sample2.bam

获取输入工作似乎很简单：

for f in *.fastq 
do 
    tophat -o <output_file> $f 
done

我尝试使用output=${f,.fastq,.bam}，并将它作为输出参数，但不起作用。我得到的只是一个错误：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution。这是做我想做的事情的方式，还是我应该做其他事情？如果这是正确的方式，我做错了什么？

[编辑]：

感谢您的所有答案！奖金的问题，虽然...如果我有一个名为这个样子，而不是文件：

path/to/sample1_1.fastq 
path/to/sample1_2.fastq 
path/to/sample2_1.fastq 
path/to/sample2_2.fastq 
...

...在那里我可以有样品（sampleX）的任意数，但他们有两个文件关联与他们（_1和_2）。该命令现在看起来是这样的：

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

所以，还是有只是一个输出，为此，我可以做类似"${f/_[1-2].fastq/.bam}"，但我不能确定如何获得一个循环，唯一的迭代一旦超过每sampleX在同时采取相关的文件...想法？

[编辑＃2]：

所以，这是没有的伎俩最终的脚本！

for f in *_1.fastq 
do 
     tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}" $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}" 
done

来源

2014-09-23 Sajber

您可以使用：

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

测试：

f='path/to/sample1.fastq' 
echo "${f/.fastq/.bam}" 
path/to/sample1.bam

来源

2014-09-23 14:17:53 anubhava

非常感谢，它做到了！总是有一些小...你有任何想法如何解决我编辑中的问题？ – Sajber 2014-09-24 06:05:43

您可以使用'“$ {f/_ [0-9] .fastq/.bam}”'编辑零件。 – anubhava 2014-09-24 06:08:20

如果你想'path/to/sample.bam'作为最终输出，你也可以使用''$ {f/[0-9] _ [0-9] .fastq/.bam}“''' – anubhava 2014-09-24 06:20:53

替代anubhava是简洁的解决方案，

d=$(dirname path/to/sample1.fastq) 
b=$(basename path/to/sample1.fastq .fastq) 
echo $d/$b.fastq 
path/to/sample1.fastq 

tophat -o "$d/$b.fastq" "$f"

来源

2014-09-23 18:20:56 Vince

不是一个答案，但一个建议：为生物信息学家，你应该使用GNU make及其选项-j (number of parallel jobs)。 Makefile应该是：

.PHONY:all 
FASTQS=$(shell ls *.fastq) 

%.bam: %.fastq 
    tophat -o [email protected] $< 

all: $(FASTQS:.bam=.fastq)

来源

2014-09-23 19:38:04 Pierre

击：替换文件名

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