合并r中的两个数据帧 - 错误

Question

我有两个数据集，一个是log10转换，另一个是RMA归一化。

数据框1（protdata）

dim(protdata) [1] 437 7 
     Locus  COBL9 WER CORTEX SCR  WOL PET111 
    1 AT1G01090 4.3035 4.3975 4.4620 4.3879 4.2620 4.2045 
    2 AT1G02780 4.7852 4.6865 4.7801 5.0038 4.9457 4.9515 
    3 AT1G04040 4.5854 4.1787 3.4836 3.4918 4.2366 3.5197 
    4 AT1G04270 4.3578 4.4281 4.3348 4.5680 4.4208 4.4056 
    5 AT1G04410 4.9808 4.9913 5.2186 5.3315 5.2178 5.4524 
    6 AT1G04430 4.2382 4.3564 4.3535 4.3056 4.0263 3.9485 
    7 AT1G04480 4.5462 4.4302 4.4987 4.8039 4.5807 4.4876 

数据框2（transdata）

dim(transdata) [1] 22810 77 
     Locus  probes  COBL9 WER CORTEX SCR  
1 AT1G01090 244901_at 4.7852 4.6865 4.7801 5.0038 
2 AT1G02780 244902_at 4.5854 4.1787 3.4836 3.4918       
3 AT1G04040 244903_at 4.3578 4.4281 4.3348 4.5680    
4 AT1G04570 244904_at 4.9808 4.9913 5.2186 5.3315     
5 AT1G04610 244905_at 4.2382 4.3564 4.3535 4.3056     
6 AT1G02430 244906_at 4.5462 4.4302 4.4987 4.8039 

我想设置基于轨迹IDS两个dataframes合并和使用

matchin<-merge(transdata,protdata,by.x="Locus",by.y="Locus") 

但我得到了一个不同的数据框，如下所示：在上面的例子中，我在两个框架中都有两个匹配的ID，但结果是是：

 Locus  probes  COBL9 WER CORTEX SCR  
1 AT1G01090 244901_at 14.7852 12.6865 13.7801 12.0038  
2 AT1G02780 244902_at 14.5854 13.1787 12.4836 13.4918 
      COBL9 WER CORTEX SCR  WOL PET111 
      4.3035 4.3975 4.4620 4.3879 4.2620 4.2045 
      4.7852 4.6865 4.7801 5.0038 4.9457 4.9515 

虽然它是一个包含唯一基因座ID的数据帧，但单独的传输数据的强度值已经发生了变化。

Answer 1

适合我。清理你的工作空间并开始新的工作。确保你使用的是正确的物体。

> merge(transdata,protdata, by = "Locus") 
     Locus probes COBL9.x WER.x CORTEX.x SCR.x COBL9.y WER.y CORTEX.y SCR.y WOL PET111 
1 AT1G01090 244901_at 4.7852 4.6865 4.7801 5.0038 4.3035 4.3975 4.4620 4.3879 4.2620 4.2045 
2 AT1G02780 244902_at 4.5854 4.1787 3.4836 3.4918 4.7852 4.6865 4.7801 5.0038 4.9457 4.9515 
3 AT1G04040 244903_at 4.3578 4.4281 4.3348 4.5680 4.5854 4.1787 3.4836 3.4918 4.2366 3.5197