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中所有列(可能较大)矩阵中的p值是否有更有效/更快的方式来比较两个矩阵(逐列),并使用t检验计算p值以获得无差异意味着(必要时最终切换到chisq.test)?计算R
这里是我的解决方案:
## generate fake data (e.g., from treatment and control data)
z0 <- matrix(rnorm(100),10,10)
z1 <- matrix(rnorm(100, mean=1.1, sd=2),10,10)
## function to compare columns (bloody for loop)
compare.matrix <- function(z0, z1){
pval <- numeric(ncol(z0)) ## initialize
for(i in 1:ncol(z0)){ ## compare columns
pval[i] <- t.test(z1[, i], z0[, i])$p.value
## if var is categorical, switch test type
if (length(unique(z1[,i]))==2){
index <- c(rep(0, nrow(z0)), rep(1, nrow(z1)))
xx <- c(z0[,i], z1[,i])
pval[i] <- chisq.test(table(xx, index), simulate.p.value=TRUE)$p.value
}
}
return(pval)
}
compare.matrix(z0, z1)
短语“t-test for equal mean difference”让我想知道你是否想要配对t检验,但如果没有,那么你的方法看起来是合理的(但我会用“t-测试没有差异的意思“。) – 2014-12-05 21:54:14
谢谢。我根据你的建议改变了文字 – mrb 2014-12-06 16:41:33