如何循环每次使用不同变量值的bash脚本

我是新来的bash脚本。我写了一个包含定义的声明变量的一组小命令（例如SAMPLENAME = Alex）。现在，我想要每次都从一个文件中用不同的声明变量值（例如SAMPLENAME = John）来循环此脚本。如何循环每次使用不同变量值的bash脚本

例如：我已设置下列变量

#!/bin/bash 
tID=000H003HG.TAAGGCGA+GCGATCTA 
tSM=Alex 
tLB=lib1 
O_FOLDER_NAME=HD690_Alex

这是将使用的变量abolve值要执行的命令值，

bwa mem -V -M -R "@RG\tID:${tID}\tSM:${tSM}\tPL:ILLUMINA\tLB:${tLB}"  REFERENCES/$REFERENCE.fa "<zcat OUTPUT/2_TRIMMED_DATA/$O_FOLDER_NAME/split-adapter-quality-trimmed/${O_FOLDER_NAME}-READ1.fastq.gz" "<zcat OUTPUT/2_TRIMMED_DATA/${O_FOLDER_NAME}/split-adapter-quality-trimmed/${O_FOLDER_NAME}-READ2.fastq.gz" > OUTPUT/3_MAPPED_READS/${O_FOLDER_NAME}/aligned_reads.sam

现在上述命令的执行之后，我想让它循环以下不同的声明变量的值集合，

#!/bin/bash 
tID=000998U3HG.STPUIHY+UIYUSIA 
tSM=John 
tLB=lib2 
O_FOLDER_NAME=HD700_John

谢谢！

来源

2016-03-15 Adnan Haider

如果你有一个空格分隔的文件，其字段为tID,tSM,tLB和O_FOLDER_NAME，只是read这些。

while read -r tID tSM tLB O_FOLDER_NAME; do 
    bwa mem -V -M \ 
     -R "@RG\tID:${tID}\tSM:${tSM}\tPL:ILLUMINA\tLB:${tLB}" \ 
    REFERENCES/"$REFERENCE".fa \ 
    "<zcat OUTPUT/2_TRIMMED_DATA/$O_FOLDER_NAME/split-adapter-quality-trimmed/${O_FOLDER_NAME}-READ1.fastq.gz" \ 
    "<zcat OUTPUT/2_TRIMMED_DATA/${O_FOLDER_NAME}/split-adapter-quality-trimmed/${O_FOLDER_NAME}-READ2.fastq.gz" \ 
     > OUTPUT/3_MAPPED_READS/"${O_FOLDER_NAME}"/aligned_reads.sam 
done <file

如果输入文件是CSV格式，则需要使用IFS什么摆弄，但是这是基本原则。

对于您的两个示例，该文件可能包含以下内容。

000H003HG.TAAGGCGA+GCGATCTA Alex lib1 HD690_Alex 
000998U3HG.STPUIHY+UIYUSIA John lib2 HD700_John

如果文件中有你的脚本之外没有用的，你可能想使用一个here document代替。

来源

2016-03-15 09:11:49 tripleee

的'“ tripleee

因此，我从你的回答中了解到，我所要做的就是创建一个空白分隔的文件。例如tID tSM tLB和它们在这条线下面的不同值？或者在这条线的前面？脚本执行一次后，bash脚本会从文件中调用另一组值？请纠正我，如果我误解任何一点。 –

看到更新。 – tripleee

做到这一点是改变的变量是文件的一种方式 -

#!/bin/bash 
echo tID=000H003HG.TAAGGCGA+GCGATCTA 
echo tSM=Alex 
echo tLB=lib1 
echo O_FOLDER_NAME=HD690_Alex

，然后运行 -

eval $(./var_file.sh) && your command

来源

2016-03-15 09:17:04 avivb

如何循环每次使用不同变量值的bash脚本

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