在bash脚本中循环

Question

我有一个包含gzipped数据文件的目录。我想使用脚本est_abundance.py运行每个文件。但首先我需要解压缩它们。所以我有这样的bash：

for file in /home/doy.user/scratch1/Secoutput/; do 
    cd "$file" 
    gunzip *kren.gz 
    python analysis1.py -i /Secoutput/*kren -k gkd_output -o /bracken_output/$(basename *kren).txt 
    wait 
done 

的问题是，在bash脚本不断解压所有的数据文件，它不会继续到下一个命令解压一个文件之后。 你能帮我解决这个问题吗？我只想为每个文件完成每个命令。

Answer 1

使用，请注意，你应该使用$file变量，您可以通过使用剥离的${file%.gz}部分.gz解压后得到的文件的名称：

for file in /home/doy.user/scratch1/Secoutput/*; do 
    gunzip $file 
    python analysis1.py -i ${file%.gz} -k gkd_output -o /bracken_output/$(basename ${file%.gz}).txt 
    wait 
done