在qsub脚本中使用变量作为参数参数

我想从文件夹中选取多个模型，并在sge脚本中将它们用于阵列作业。所以，我中SGE脚本如下：在qsub脚本中使用变量作为参数参数

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models 
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`) 
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory. 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..."

，但我得到了以下错误：

Unable to read script file because of error: Numerical value invalid! 
The initial portion of string "$numModels" contains no decimal number

我也曾尝试使用

#$ -t 1-${numModels}

和

#$ -t 1-(`$numModels`)

但这些都没有工作。任何建议/替代方法都是受欢迎的，但它们必须使用qsub的阵列作业功能。

来源

2014-09-12 Sahil M

当心Bash，#$ -t 1-$[numModels]只不过是一个评论;因此它不会将可变扩展应用于numModels。

一种选择是通过-t参数在命令行：如果您希望有一个自我

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..."

与

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models qsub -t 1-$(ls $MODELS|wc -l) submit.sh

，并提交脚本：从脚本中删除包含提交脚本，另一种选择是通过标准输入框传递整个脚本的内容，如下所示：

#!/bin/bash 
qsub <<EOT 
MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models 
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`) 
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory. 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..." 
EOT

然后，您直接输入或执行该脚本以提交作业数组（./submit.sh而不是qsub submit.sh，因为qsub命令在此处是脚本的一部分。

来源

2014-09-12 13:04:37 damienfrancois

这是有效的，但如果解决方案是在sge脚本本身内部，不包含在shell脚本中，或者将参数放在命令行中，我真的很喜欢。 – 2014-09-12 13:17:12

@Sahil，这可能是不可能的。 SGE脚本将每个任务执行一次，从1到计算的总任务数。因此，在执行SGE脚本之前，确定任务总数需要发生。这就是达米恩所避免的。 – Vince 2014-09-19 13:26:54

@Vince，我遵循这一点，但-t无论如何都需要在SGE脚本中使用静态数字参数。我所说的是用变量替换上限，它不会随着数组作业的每个任务而改变。如果没有这方面的规定，我可能只是每次手工编写数字，以避免由sh包装qsub，这有其自己的一套问题。 – 2014-09-21 13:36:19

在qsub脚本中使用变量作为参数参数

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