Java中的HDF5：availabe API之间有什么区别？

Question

我刚刚发现了HDF5格式，我正在考虑使用它来存储分布在Java应用服务器集群上的3D数据。我发现，有可用于Java几种实现方式，并想知道它们之间的差异：

• Java HD5 Interface (JHI5)从HDF组本身的Java包装。

• JHDF5 (HDF5 for Java)

• Permafrost

• Nujan: Pure Java NetCDF4 and HDF5 writer（不能读HDF5）

最重要的，我想知道：

• 如何亩覆盖本地API的任何限制，本地API中不存在任何限制 ？

• 如果支持“Parallel HDF5”？

• 一旦加载了我的3D数据，每次访问3D数组中的一个元素时，是否会收到“原生通话开销” ？也就是说，数据 实际上是否变成了Java对象，还是停留在“native/JNI 内存”？

• 有没有知道稳定性问题与特定的 实现，因为在本地代码崩溃一般需要整个 JVM下来？

Answer 1

HDF的Java遵循分层的方法：

• JHI5 - 低级别JNI包装：非常灵活，但也相当繁琐的使用。

• Java HDF对象包 - 基于JHI5的高级接口。

• HDFView - 基于Java HDF对象包的基于Java的查看器应用程序。

JHDF5提供了一个构建在JHI5层上的高级接口，它为HDF5提供了Java的大部分功能。 API的学习曲线很浅，隐藏了开发人员的大部分管理工作。您可以在属于JHDF5的JHI5接口上运行Java HDF对象包（和HDFView），因此这两个API可以共存于一个Java程序中。

永久冻土和Nujan在这一点上似乎还没有完成，而且Permafrost最近还没有看到很多活动，所以它们似乎不是现在的首选。

我认为一个好的方法就是看一下Java HDF5对象包和JHDF5，然后决定哪个API更适合您的需求，然后使用它。

声明：我工作在JHDF5接口，所以我可能会有偏见。