BLAST使用python subprocess.call有关alignment.def，不知道什么是错

这是我写的脚本。BLAST使用python subprocess.call有关alignment.def，不知道什么是错

两个问题。首先，我们需要打印形成XML hit_id，hit_len和hit_def的爆炸结果。前两个很容易。但是hit.def与def相同。如何避免它？

其次，我们需要在linux上运行程序。该程序应该接受两个序列，一个是蛋白质，一个是使用可选参数的核酸。但我无法实现这个功能。

时

$ python my_program.py protein.fa tem.txt prot

最后一个是参数选项它应该工作。我不为什么蟒蛇只是不接受它，因为我写

f=sys.argv[3] 
f1=str(sys.argv[3]) 
if f1 is 'prot': 
    function(filename,protflag=True)

的Python总是选择“其他”

# IMPORT 
import sys 
import subprocess 
################################################################################ 
# FUNCTIONS 
#execute BLAST, vailable type are protein and nuclien 

    def run_blast(filename,protflag=True): 
    """execute BLAST, vailable type are prot or na""" 
     if protflag: 
      subprocess.call(['blastp','-query','filename','-db','nr','-outfmt','5','-out','prot.xml']) 
     else : 
      subprocess.call(['blastn','-query','filename','-db','nt','-outfmt','5','-out','na.xml']) 



    def read_XML(filename): 
     """return hit_id length hit_def""" 
     from Bio.Blast import NCBIXML 
     name=str(filename) 
     record=NCBIXML.read(open(name)) 
     for i in range(0,len(record.alignments)): 
      hit=record.alignments[i] 
      print 'hit_id'+hit.id+'\n'+'length'+hit.len+'\n'+'hit_def'+hit.def+'\n'#here is the problem .def 


################################################################################ 
# MAIN 


# write a function for the "main method" 


    def main(filename=sys.argv[1],protflag=True): 
     """excuate BLAST with file then return the hit_id, length and hit_def""" 
     f=sys.argv[3] 
     f1=str(f) 
     if f is 'prot': 
      run_blast(filename,True) 
      read_XML("prot.xml") 
     elif f is 'na': 
      run_blast(filename,False) 
      read_XML("prot.xml") 
     else: 
      print 'only prot and na available' 


    if __name__ == '__main__': 
     # defaults to reading the system, see above :) 
     main()

来源

2014-10-18 Whylas Wang