Graphviz - 绘制最大派系

我想使用graphviz为了绘制给定的图形所有最大的派系。因此，我希望在同一个最大派系中的节点将被视觉封装在一起（这意味着我希望一个大圆圈将围绕它们）。我知道集群选项存在 - 但在我目前看到的所有示例中 - 每个节点仅在一个集群中。在最大派系情况下，一个节点可以在多个派系中。有没有一个选项可以用graphviz显示这个？如果没有，是否有任何其他工具用于此任务（最好使用python api）。谢谢。Graphviz - 绘制最大派系

来源

2012-02-09 user1199998

取茶，这会是很长:)

我画这个与networkx，但主要步骤可以很容易地转移到graphviz的。

的计划如下：
一）找到最大派系（以防万一，最大派系是没有必要的最大派系）;
b）绘制图形并记住绘图程序使用的顶点坐标;
c）取派系的坐标，计算围绕它的圆的中心和半径;
d）绘制圆和颜色相同颜色的派系的verteces（对于2个和更多的maxcliques交集，这是不可能的）。

关于c）：我懒得弄清楚紧密的圈子，但有一段时间可以轻松完成。相反，我计算了“近似圆”：我将该集团最长边的长度作为半径，并乘以1.3。实际上，通过这种方法，一些节点可能被排除在外，因为只有sqrt（3）商人保证每个人都在。但是，采用sqrt（3）会使该圈太大（再次，它不紧）。作为中锋，我占据了最大的优势。

import networkx as nx 
from math import * 
import matplotlib.pylab as plt 
import itertools as it 

def draw_circle_around_clique(clique,coords): 
    dist=0 
    temp_dist=0 
    center=[0 for i in range(2)] 
    color=colors.next() 
    for a in clique: 
     for b in clique: 
      temp_dist=(coords[a][0]-coords[b][0])**2+(coords[a][1]-coords[b][2])**2 
      if temp_dist>dist: 
       dist=temp_dist 
       for i in range(2): 
        center[i]=(coords[a][i]+coords[b][i])/2 
    rad=dist**0.5/2 
    cir = plt.Circle((center[0],center[1]), radius=rad*1.3,fill=False,color=color,hatch=hatches.next()) 
    plt.gca().add_patch(cir) 
    plt.axis('scaled') 
    # return color of the circle, to use it as the color for vertices of the cliques 
    return color 

global colors, hatches 
colors=it.cycle('bgrcmyk')# blue, green, red, ... 
hatches=it.cycle('/\|-+*') 

# create a random graph 
G=nx.gnp_random_graph(n=7,p=0.6) 
# remember the coordinates of the vertices 
coords=nx.spring_layout(G) 

# remove "len(clique)>2" if you're interested in maxcliques with 2 edges 
cliques=[clique for clique in nx.find_cliques(G) if len(clique)>2] 

#draw the graph 
nx.draw(G,pos=coords) 
for clique in cliques: 
    print "Clique to appear: ",clique 
nx.draw_networkx_nodes(G,pos=coords,nodelist=clique,node_color=draw_circle_around_clique(clique,coords)) 

plt.show()

让我们看看我们得到：

>> Clique to appear: [0, 5, 1, 2, 3, 6] 
>> Clique to appear: [0, 5, 4]

图片： Circled max cliques

3个maxcliques又如：

>> Clique to appear: [1, 4, 5] 
>> Clique to appear: [2, 5, 4] 
>> Clique to appear: [2, 5, 6]

Circled max cliques

来源

2012-02-09 20:03:46

我不认为你可以这样做。聚类是通过子图完成的，这些子图预计是独立的图，与其他子图不重叠。

你可以改变可视化;如果您想象某个派系的成员是某个集合S的成员，那么您可以简单地添加一个节点S并添加将每个成员链接到S节点的定向或虚线边缘。如果S节点被赋予不同的形状，那么应该清楚哪些节点在哪个派系中。

如果你真的想要，你可以给连接成员的边缘连接到它们的团体节点高权重，这应该使它们在图形上靠得很近。

请注意，集团节点之间永远不会存在边缘;这将表明两个派系之间的关系最为密切，这只意味着他们实际上是一个大集团，而不是两个独立的集团。

来源

2012-02-09 16:48:32

实现起来会有点困难，但这里是一个如何绘制重叠集的例子。

Riche，N.H。; Dwyer，T。;“Untangling Euler Diagrams”，IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics，vol.16，no.6，pp.1090-1099，Nov.-Dec。 2010 DOI:10.1109/TVCG.2010.210。 PDF

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来源

2012-10-03 01:31:04 edallme

Graphviz - 绘制最大派系

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