我正在绘制来自各种测试的一些数据。有时在一次测试中,我碰巧有一个异常值(比如说0.1),而其他所有值都小三个数量级。matplotlib:绘图时忽略异常值
随着matplotlib,我暗算范围[0, max_data_value]
我如何才能放大到我的数据并没有显示异常,这将弄乱在我的剧情x轴?
我应该简单地把95百分位数和范围[0, 95_percentile]
在X轴上?
我正在绘制来自各种测试的一些数据。有时在一次测试中,我碰巧有一个异常值(比如说0.1),而其他所有值都小三个数量级。matplotlib:绘图时忽略异常值
随着matplotlib,我暗算范围[0, max_data_value]
我如何才能放大到我的数据并没有显示异常,这将弄乱在我的剧情x轴?
我应该简单地把95百分位数和范围[0, 95_percentile]
在X轴上?
对异常值没有单一的“最佳”测试。理想情况下,你应该包含先验信息(例如“这个参数不应该超过x因为......”)。
大多数异常值测试使用中位数绝对偏差,而不是第95百分位或其他基于方差的测量。否则,计算的方差/ stddev将严重偏离异常值。
这里有一个函数实现了一个更常见的异常值测试。
def is_outlier(points, thresh=3.5):
"""
Returns a boolean array with True if points are outliers and False
otherwise.
Parameters:
-----------
points : An numobservations by numdimensions array of observations
thresh : The modified z-score to use as a threshold. Observations with
a modified z-score (based on the median absolute deviation) greater
than this value will be classified as outliers.
Returns:
--------
mask : A numobservations-length boolean array.
References:
----------
Boris Iglewicz and David Hoaglin (1993), "Volume 16: How to Detect and
Handle Outliers", The ASQC Basic References in Quality Control:
Statistical Techniques, Edward F. Mykytka, Ph.D., Editor.
"""
if len(points.shape) == 1:
points = points[:,None]
median = np.median(points, axis=0)
diff = np.sum((points - median)**2, axis=-1)
diff = np.sqrt(diff)
med_abs_deviation = np.median(diff)
modified_z_score = 0.6745 * diff/med_abs_deviation
return modified_z_score > thresh
由于使用它的一个例子,你会做类似如下:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# The function above... In my case it's in a local utilities module
from sci_utilities import is_outlier
# Generate some data
x = np.random.random(100)
# Append a few "bad" points
x = np.r_[x, -3, -10, 100]
# Keep only the "good" points
# "~" operates as a logical not operator on boolean numpy arrays
filtered = x[~is_outlier(x)]
# Plot the results
fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(nrows=2)
ax1.hist(x)
ax1.set_title('Original')
ax2.hist(filtered)
ax2.set_title('Without Outliers')
plt.show()
这是一个很好的答案(我从+1开始),但我认为'〜'不是合乎逻辑的,不是合乎逻辑的 - 在这里似乎并不重要,因为我不是100%清楚的,但在其他地方。 '〜False!= True',但'not False == True' – 2012-11-13 13:24:05
好点!在numpy中,它被重载为逻辑运算而不是布尔数组(例如'〜np.array(False)== True'),但这不适用于其他任何情况。我应该澄清一点。 (在附注中,按照惯例'not some_array'会在some_array有多个元素时产生值错误,因此在上面的例子中需要'〜') – 2012-11-14 12:58:30
感谢你的回应 - 我实际上试过'不是',并且得到了你预测的错误,所以我更加困惑...... – 2012-11-14 13:45:38
如果你不大惊小怪,通过乔,它提到的拒绝离群纯粹是这样做的美学原因,你可以设置你的阴谋的x轴限制:
plt.xlim(min_x_data_value,max_x_data_value)
这些值是您希望显示的限制值。
plt.ylim(min,max)
也适用于在y轴上设置限制。
但是,对于直方图,OP还需要重新计算垃圾箱。 Matplotlib使用固定的边框。放大时不会“重新绑定”。 – 2012-08-09 15:25:02
什么样的情节?分散?直方图? – 2012-08-09 14:39:28
我正在绘制直方图。 – 2012-08-09 14:41:53